Analyse avec le logiciel imagej d'un lot d'images en microscopie par ...

in2p3-00530281, version 1 - 28 Oct 2010
Annexe E
Listing de la Macro d’analyse
« Macro_GM_CCQ_v9 »
Cette macro simplifie la tache de comptage des foci par noyau et de mesure des caractéristiques
des foci dans des cellules marquées au DAPI et au H2AX par l'analyse des images de cellules de
fibroblaste irradiées à l'ESRF
Les images des masques, les ROI et des foci repérés sont stockés dans une pile. Une boite de
dialogue demande un dossier contenant deux sous-dossiers obligatoirement nommés DAPI et H2AX
pour automatiser les traitements et répéter les mesures.
Les images Tiff, (DAPI et H2AX), à analyser doivent être triées dans le même ordre pour
être appariées correctement lors de l'analyse,
On exécute la macro par la touche [g] ou dans "Plugins>Macros>Run",
Elle boucle sur l'ensemble des images des deux répertoires,
La macro propose automatiquement une sélection pour chaque noyau analysé: l’opérateur
doit accepter ou rejeter la sélection. ==> 'Yes' ajoute la sélection au « ROI manager », 'No'
la supprime.
Les sélections sont renommées (préfixe "Cell_"),
En fin d'analyse, les résultats sont sauvés dans le répertoire parent:
- Les sélections (ROI) sont sauvegardées dans les fichiers de type « zip » (Qu’elles
soient multiples ou unique).
- Les résultats des analyses des foci par noyau (mesures de surface, périmètre,
position…) sont placés dans les fichiers de type « xls »
- Les piles d'images mémorisent les masques ayant servis à la quantification.
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