Analyse avec le logiciel imagej d'un lot d'images en microscopie par ...

in2p3-00530281, version 1 - 28 Oct 2010
La deuxième phase consiste à définir des focis par la création de masques correspondant à l’ensemble
des pixels représentant un foci dans l’image H2AX. Les masques de foci sont obtenus par un seuillage
automatique de l’image avec la méthode « SetAutoThreshold ».
Les foci potentiels sont également mesurés pour effectuer un filtrage selon la valeur de l’aire et de
la circularité du masque correspondant. Pour ce qui concerne les masques associés au foci, les
critères de sélection sont les suivants
« aera » supérieure à 10 pixels
« circularité » comprise entre 0 et 1
Les figures (28) et (29) présentent les masques définis pour un noyau cellulaire à partir de l’image DAPI,
et les masques correspondants aux focis dans ce noyau cellulaire, déterminés dans l’image H2AX
correspondante en utilisant le masque du noyau pour limiter la recherche des focis.
En fin d'analyse, les résultats des analyses (mesures de surface, périmètre, position et ratio divers)
des foci par noyau sont placés dans des fichiers « .xls » dans le répertoire parent.
Figure (28) : Présentation de l’enveloppe convexe du noyau
Figure (29) : Présentation de tous les foci détectés avec les préréglages choisis
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