Gene regulation in Streptococcus pneumoniae - RePub - Erasmus ...

More documents

Recommendations

Info

Dankwoord Jeetje, dat het dan toch nog af is ... Na veel geploeter met het wetenschappelijk gedeelte, dan nu het moeilijke gedeelte…. En dat is wat, de tijd besteed aan het proefschift geeft dat wel aan. Wie te bedanken? Velen natuurlijk! Je doet zoiets natuurlijk nooit alleen. Het is wel lastig om iedereen weer herinneren, aangezien het al weer een tijdje geleden is sinds ik op het LKG heb rondgelopen...., maar hier dan toch mijn poging. Bij voorbaat wil ik al zeggen dat er niet persé “een volgorde van belangrijkheid” is, ;-). Allereerst wil ik natuurlijk promotor Prof. Dr. Peter Hermans bedanken. Beste Peter, ik vond het erg leuk en leerzaam om met/bij jou te werken. Jouw enthousiasme en directheid waardeer ik enorm en ook je gevoel voor humor tijdens de koffie, congressen (met of zonder gebroken teen!) lag bij mij zeer in de smaak. Prof. Dr. Ronald de Groot, beste Ronald, bedankt dat ik de kans heb gekregen om mijn promotie bij jou te doen, al hebben wij op dagelijkse basis weinig met elkaar van doen gehad. Ten derde wil ik graag een persoon bedanken die helaas negen maanden na mijn start in Rotterdam vertrok. Oja, wie was dat ook al weer......(hoor ik je denken, mijzelf incluis).... Natuurlijk, ik bedoel Peter Adrian! Dear Peter, I hope you are doing fine. It’s been a long time since I heard from you and I hope life is treating you well!! Prof. Dr. Oscar Kuipers, beste Oscar, dankzij jouw tip ben ik bij het LKG te Rotterdam terecht gekomen. Ik wil je bedanken voor de prettige samenwerking (ook tijdens mijn afstudeerscriptie in Groningen). Prof. Dr. Alex van Belkum, beste Alex, al hebben we tijdens mijn onderzoek niet echt samengewerkt, ik wil je bedanken voor de kritische vragen tijdens de werkbesprekingen en dat je de voorzitter van mijn promotiecommissie bent. Dear Prof. Dr. Sven Hammerschmidt, thank you for critically reading my PhD thesis and taking part in the PhD committee. Vielen dank! Co-promotor Dr. Hester Bootsma, beste Hester, zonder jouw betrokkenheid had ik zo nog 3,5 jaar aan mijn proefschrift kunnen zitten! Ik ben verheugd dat je uiteindelijk mijn co-promotor bent geworden, al heb ik je natuurlijk liever naast me als paranimf tijdens de verdediging, maar de eer van je eerste AIO te zijn maakt dat toch weer een beetje goed. Collega’s (niet van het LKG of RUNMC) die ik wil bedanken: Tim Mitchell, Nuno, Alison, Gavin and Clare, thank you for the pleasant collaboration, which resulted in chapter 2. En natuurlijk de Grunningers: Anne, dank je voor al je hulp met de microarrays en succes met je boekje. Tomas, ons GlnR-werk samen heeft toch maar mooi twee publicaties opgeleverd, erg bedankt hiervoor en de prettige samenwerking. Jetta, dank je voor de prettige Dankwoord samenwerking en veel succes bij het UMCG! Frank van Vliet, het was leuk om samen met 219 219
jou en de rest van de Molecular Medicine AIO commissie cursusses en congressen te bekokstoven. In het Sophia kinderziekenhuis, Nico, Conne en Michiel, dank voor jullie interesse en steun toen de overlopers (haha, zo mag ik ze natuurlijk helemaal niet noemen, bedoel ik ook niet zo, hoe ga ik me hier uit lu....) de weg naar Nijmegen kozen. Nu dan de mensen van het LKG. Het wordt lastig om iedereen te noemen, dus laat ik het bij een paar waar ik wat meer mee van doen heb gehad. Ronald, een van de weinigen waarmee ik op maandag de voetbalcompetitie (of Oranje) mee kon bespreken, het ga je goed! Amy en Colin, nog vele bedankjes voor het kunnen overnemen van jullie oude stek aan de Singel (er ligt nog post... geintje ;-))! Buurvrouw Marrit, ook een Almeloër, altijd bezig om je RSI-waarschuwing op je PC weg te klikken. Paul, altijd genoeg feta als hij er is. Ingrid R., gelukkig voor je gaat het al weer wat beter met Ajax, maar toch wordt FC Twente kampioen dit jaar. Ad, ik vergeet nooit dat je jezelf aan me voorstelde terwijl ik een boterham aan het eten was, maar kennelijk bewoog ik mijn mond voldoende (moeilijk voor een Tukker!) dat je mijn naam liplezend toch oppikte. Rolien en Dickie, twee analisten waar het LKG (samen met nog een paar analisten) op draait. Maria, tegelijk begonnen met het promotie onderzoek, maar jij kon het wel binnen de tijd. De nieuwe baas Cees Vink, leuk dat ik jouw bewind nog even mocht meemaken. Ingrid L., begonnen als infectieziekten groepsgenoot en later op het secretariaat, dank je voor al je hulp en interesse in mijn promotie-onderzoek. Ram Sitaram, dank je voor de ondersteuning en de babbeltjes over voetbal. Tja, dan nu de infectieziekten collega’s. Voor het gemak zal ik de Rotterdammers en de Nijmegenaren op één hoop gooien: Debbie en Marieke, ik vond het erg leuk met jullie samen te werken en succes met jullie verdere carrières. Bedette en Gulistan, leuk dat jullie bij mij stage gelopen hebben en dank voor jullie bijdrage. Bas, leuke collega met een rare voorkeur voor lang in de trein zitten(?). Christa, dank voor je hulp met het CodY hoofdstuk. Ada, heel erg bedankt voor alle hulp. Lorie, how’s your project? Good luck with your thesis! Kim en Kim, succes met jullie promotieonderzoek! Angela, dank voor je werk aan het PsaR hoofdstuk en veel succes in Leiden. Joost, ik heb veel met/om je gelachen met Portugal als hoogtepunt. Beroofd worden in Lissabon kan vervelend zijn, maar met jou erbij lag ik na een minuut alweer in een deuk van het lachen. Trouwens, hoe gaat het met João? Nog steeds op de bus? Hoe is het met jouw boekje? Saskia, dank voor je hulp met de opzet van de dierproeven en het zijn van een gezellige collega. Hoe is ’t met de tweeling? Peter B., ik vond het erg gezellig met jou samen te werken, ook ons talent om in een discussie (met of zonder een biertje) totaal langs elkaar heen te praten was erg vermakelijk, met name achteraf dan... Vishal, bijna gelijk begonnen, bijna gelijk klaar (toch?), succes met de afronding van jouw 220 220
Page 1 and 2:
Gene regulation in Streptococcus pn
Page 3 and 4:
Cover image by Duve van Boggelen (w
Page 5 and 6:
Promotiecommissie Promotoren: Prof.
Page 8 and 9:
CHAPTER 1 Introduction 7
Page 10 and 11:
Introduction Figure 1. Infections c
Page 12 and 13:
Interestingly, autolysis induced by
Page 14 and 15:
histidine kinase is the sensor prot
Page 16 and 17:
metabolism are often required for v
Page 18 and 19:
egulatory systems, aiming to elucid
Page 20 and 21:
11. Cockeran, R., A. J. Theron, H.
Page 22 and 23:
33. Li, S., S. J. Kelly, E. Lamani,
Page 24 and 25:
53. Romero, P., R. Lopez, and E. Ga
Page 26 and 27:
CHAPTER 2 Regulation of gene expres
Page 28 and 29:
Introduction Streptococcus pneumoni
Page 30 and 31:
Materiaals and Meethods Gene regula
Page 32 and 33:
(Invitrogen), 0.2 mM aminoallyl dUT
Page 34 and 35:
Isolation of pneumococcal RNA durin
Page 36 and 37:
Resultss and Discuussion Gene regul
Page 38 and 39:
Table 1. Genes regulated by RR09 in
Page 40 and 41:
phosphofructokinase, and a fructose
Page 42 and 43:
Figure 4. Expression of rlrA and rr
Page 44 and 45:
correlated well with our in vitro m
Page 46 and 47:
Figure 7. Bacterial loads in blood
Page 48 and 49:
Acknowledgments This work was suppo
Page 50 and 51:
10. Ibrahim, Y. M., A. R. Kerr, J.
Page 52 and 53:
genome sequence of a virulent isola
Page 54 and 55:
Gene regulation by RR09 in S. pneum
Page 56 and 57:
Gene regulation by RR09 in S. pneum
Page 58 and 59:
Table S4. Genes up- and downregulat
Page 60:
Table S6. Genes up- and downregulat
Page 63 and 64:
Chapter 3 Abstract 62 62 Previous s
Page 65 and 66:
Chapter 3 between the wild-type and
Page 67 and 68:
Chapter 3 S. pneumoniae TIGR4 by CS
Page 69 and 70:
Chapter 3 performance liquid chroma
Page 71 and 72:
Chapter 3 Results Transcriptional a
Page 73 and 74:
Chapter 3 Table 3. Differentially e
Page 75 and 76:
Chapter 3 Figure 2. Colonization mo
Page 77 and 78:
Chapter 3 than the D39ΔpsaR-infect
Page 79 and 80:
Chapter 3 effect was more severe fo
Page 81 and 82:
Chapter 3 in TIGR4ΔpsaR. However,
Page 83 and 84:
Chapter 3 References 1. Adrian, P.
Page 85 and 86:
Chapter 3 21. Hemsley, C., E. Joyce
Page 87 and 88:
Chapter 3 40. McCluskey, J., J. Hin
Page 90 and 91:
CHAPTER 4 CodY of Streptococcus pne
Page 92 and 93:
Introduction Bacteria encounter var
Page 94 and 95:
Materials and Methods Bacterial str
Page 96 and 97:
Table 2. Oligonucleotide primers us
Page 98 and 99:
The CodY regulon of S. pneumoniae I
Page 100 and 101:
The CodY regulon of S. pneumoniae w
Page 102 and 103:
Accession numbers The microarray da
Page 104 and 105:
Table 3. Differentially expressed g
Page 106 and 107:
Binding of CodY to target promoters
Page 108 and 109:
The CodY regulon of S. pneumoniae E
Page 110 and 111:
The CodY regulon of S. pneumoniae F
Page 112 and 113:
Discussion CodY has been described
Page 114 and 115:
levels of adherence in D39. Using a
Page 116 and 117:
References The CodY regulon of S. p
Page 118 and 119:
Glass. 2001. Genome of the bacteriu
Page 120 and 121:
40. Shivers, R. P., S. S. Dineen, a
Page 122 and 123:
CHAPTER 5 Regulation of glutamine a
Page 124 and 125:
Introduction Regulation of nitrogen
Page 126 and 127:
Materials and Methods Nitrogen Meta
Page 128 and 129:
TK136 D39 Δcps; Km R capsule-less
Page 130 and 131:
gene from pORI28, was fused to the
Page 132 and 133:
Construction of lacZ fusions Chromo
Page 134 and 135:
Enzyme assays Cell-free extracts, u
Page 136 and 137:
Reverse-transcriptase PCR RNA isola
Page 138 and 139:
Table 3. Summary of transcriptome c
Page 140 and 141:
effect caused by altered intracellu
Page 142 and 143:
examine whether zwf is only transcr
Page 144 and 145:
(http://www.bd.com/ds/technicalCent
Page 146 and 147:
H6-GlnR alone at the concentration
Page 148 and 149:
Discussion In this study, we charac
Page 150 and 151:
Acknowledgements TK, JB and HB are
Page 152 and 153:
11. den Hengst, C. D., S. A. van Hi
Page 154 and 155:
Nitrogen Metabolism in S. pneumonia
Page 156 and 157:
52. Wray, L. V., Jr., J. M. Zalieck
Page 158 and 159:
CHAPTER 6 Site-specific contributio
Page 160 and 161:
Introduction GlnR-regulon and pneum
Page 162 and 163:
Materials and Methods Bacterial str
Page 164 and 165:
eferred to as t=0. Bacteriology res
Page 166 and 167:
Results GlnR-regulon and pneumococc
Page 168 and 169:
Figure 3. Colonization model. Bacte
Page 170 and 171: GlnR-regulon and pneumococcal virul
Page 172 and 173: Table 2. Differentially expressed g
Page 174 and 175: Discussion The ability to adequatel
Page 176 and 177: The microarray data showed that pre
Page 178 and 179: Acknowledgments WTH is supported by
Page 180 and 181: 12. Ibrahim, Y. M., A. R. Kerr, J.
Page 182 and 183: 33. Zalieckas, J. M., L. V. Wray, J
Page 184 and 185: CHAPTER 7 Pneumococcal gene regulat
Page 186 and 187: Introduction Regulation of gene exp
Page 188 and 189: Gene regulation and metabolism in S
Page 190 and 191: makes it possible for the pneumococ
Page 192 and 193: A CcpA homologue exists in the pneu
Page 194 and 195: double mutant, suggesting direct re
Page 196 and 197: References Gene regulation and meta
Page 198 and 199: 23. Kerr, A. R., P. V. Adrian, S. E
Page 200 and 201: 45. Sonenshein, A. L. 2005. CodY, a
Page 202 and 203: CHAPTER 8 Summarizing discussion 20
Page 204 and 205: that the observed virulence phenoty
Page 206 and 207: CodY was found to be required for a
Page 208 and 209: References Summarizing discussion 1
Page 210 and 211: Summarizing discussion 21. Orihuela
Page 212 and 213: Samenvatting en discussie Curriculu
Page 214 and 215: Samenvatting en discussie kunnen ge
Page 216 and 217: Bevindingen die dit onderbouwen, we
Page 218 and 219: Curriculum Vitae Curriculum Vitae W
Page 222: oekje en ik kijk uit naar de bijbeh
show all

Gene regulation in Streptococcus pneumoniae - RePub - Erasmus ...

You also want an ePaper? Increase the reach of your titles

Delete template?

Save as template?