SOUCHES AFRICAINES DU VIRUS DE LA ROUGEOLE : ETUDE ...

Consensus ATGTCACCGC AACGAGACCG GATAAATGCC TTCTACAAAG ATAACCCTTA TCCCAAGGGA AGTAGGATAG TTATTAACAG AGAACATCTT ATGATTGACA GACCCTATGT TCTGCTGGCT 120
HA R83 .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... 120
HA R72 .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... 120
HA R82 .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... 120
HA R67 .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... 120
Consensus GTTCTGTTCG TCATGTTTCT GAGCTTGATC GGATTGCTGG CAATTGCAGG CATTAGACTT CATCGGGCAG CCATCTACAC CGCGGAGATC CATAAAAGCC TCAGTACCAA TCTAGATGTG 240
HA R83 .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... 240
HA R72 .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... 240
HA R82 .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... 240
HA R67 .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... 240
Consensus ACTAACTCAA TCGAGCATCA GGTCAAGGAC GTGCTGACAC CACTCTTTAA AATCATCGGG GATGAAGTGG GCCTGAGAAC ACCTCAGAGA TTCTCTGACC TAGTGAAATT CATCTCTGAC 360
HA R83 .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... 360
HA R72 .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... 360
HA R82 .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... 360
HA R67 .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... 360
Consensus AAGATTAAAT TCCTTAATCC GGATAGGGAG TACGACTTCA GAGATCTCAC TTGGTGCATC AACCCGCCAG AGAGGATCAA ACTAGATTAT GATCAATACT GTGCAGATGT GGCTGCTGAA 480
HA R83 .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... 480
HA R72 .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... 480
HA R82 .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... 480
HA R67 .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... 480
Consensus GAGCTCATGA ATGCATTGGT GAACTCAACT CTACTGGAGA CCAGAACAAC CAATCAGTTC CTAGCTGTCT CAAAGGGAAA CTGCTCAGGG CCCACTACAA TCAGAGGTCA ATTCTCAAAC 600
HA R83 .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... 600
HA R72 .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... 600
HA R82 .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... 600
HA R67 .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... 600
Consensus ATGTCGCTGT CCTTGTTGGA CTTGTACTTA GGTCGAGGTT ACAATGTGTC ATCTATAGTC ACTATGACAT CCCAGGGAAT GTATGGGGGA ACCTACCTAG TTGAAAAGCC TAATCTGAAC 720
HA R83 .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... 720
HA R72 .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... 720
HA R82 .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... 720
HA R67 .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... 720
Consensus AGCAAAGGGT CAGAGTTGTC ACAACTGAGC ATGTACCGAG TGTTTGAAGT AGGTGTTATC AGAAACCCGG GTTTGGGGGC TCCGGKGTTC CATATGACAA ACTATTTTGA GCAACCAGTC 840
HA R83 .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .....G.... .......... .......... .......... 840
HA R72 .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .....T.... .......... .......... .......... 840
HA R82 .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .....T.... .......... .......... .......... 840
HA R67 .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .....T.... .......... .......... .......... 840
Consensus AGTAATGGTC TCGGCAACTG TATGGTGGCT TTGGGGGAGC TCAAACTCGC AGCCCTTTGT CACGGGGACG ATTCTATCAC AATTCCCTAT CAGGGRTCAG GGAAAGGTGT CAGCTTCCAG 960
HA R83 .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .....A.... .......... .......... 960
HA R72 .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .....G.... .......... .......... 960
HA R82 .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .....A.... .......... .......... 960
HA R67 .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .....A.... .......... .......... 960
Consensus CTCGTCAAGC TGGGTGTCTG GAAATCCCCA ACCGACATGC AATCCTGGGT CCCCTTATCA ACGGATGATC CAGTGGTAGA CAGGCTTTAC CTCTCATCTC ACAGAGGTGT CATCGCTGAC 1080
HA R83 .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... 1080
HA R72 .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... 1080
HA R82 .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... 1080
HA R67 .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... 1080
Consensus AATCAAGCAA AATGGGCTGT CCCGACAACA CGAACAGATG ACAAGTTGCG AATGGAGACA TGCTTCCAGC AGGCGTGTAA GGGTAAAATC CAAGCACTCT GCGAGAATCC CGAGTGGGCA 1200
HA R83 .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... 1200
HA R72 .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... 1200
HA R82 .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... 1200
HA R67 .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... 1200
Consensus CCATTGAAGG ATAACAGGAT TCCTTCATAC GGGGTCTTGT CTGTTGATCT GAGTCTGACA GTTGAGCTTA AAATCAAAAT TGCTTCGGGA TTCGGGCCAT TGATCACACA CGGCTCAGGG 1320
HA R83 .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... 1320
HA R72 .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... 1320
HA R82 .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... 1320
HA R67 .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... 1320
Consensus ATGGACCTAT ACAAATCCAA CCGCAACAAT GTGTATTGGC TGACTATCCC GCCAATGAGA AATCTAGCCT TAGGCGTAAT CAACACATTG GAGTGGATAC CGAGATTCAA GGTTAGTCCC 1440
HA R83 .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... 1440
HA R72 .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... 1440
HA R82 .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... 1440
HA R67 .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... 1440
Consensus AACCTCTTCA CTGTCCCAAT TAAGGAAGCA GGCGAAGACT GCCATGCCCC AACATACCTA CCTGCGGAGG TGGACGGTGA TGTCAAACTC AGTTCCAACC TGGTGATTCT ACCTGGTCAA 1560
HA R83 .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... 1560
HA R72 .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... 1560
HA R82 .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... 1560
HA R67 .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... 1560
Consensus GATCTCCAAT ATGTTTTGGC AACCTACGAT ACCTCCAGGG TTGAGCATGC TGTGGTTTAT TACGTTTACA GCCCAAGCCG CTCATTTTCT TACTTTTATC CTTTTAGGTT GCCTATAAAG 1680
HA R83 .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... 1680
HA R72 .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... 1680
HA R82 .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... 1680
HA R67 .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... 1680
Consensus GGGGTCCCAA TCGAACTACA AGTGGAATGC TTCACATGGG ACCAAAAACT CTGGTGCCGT CACTTCTGTG TGCTTGCGGA CTCARAATCC GGTGGACATA TCACTCACTC TGGGATGGTG 1800
HA R83 .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... ....G..... .......... .......... .......... 1800
HA R72 .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... ....G..... .......... .......... .......... 1800
HA R82 .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... ....A..... .......... .......... .......... 1800
HA R67 .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... ....G..... .......... .......... .......... 1800
Consensus GGCATGGGAG TCAGCTGCAC AGCCACCCGG GAAGATGGAA CCAATCGCAG ATAG 1854
HA R83 .......... .......... .......... .......... .......... .... 1854
HA R72 .......... .......... .......... .......... .......... .... 1854
HA R82 .......... .......... .......... .......... .......... .... 1854
HA R67 .......... .......... .......... .......... .......... .... 1854
Annexe 5: comparaison des séquences des gènes H des souches CR67, CR72, CR82, CR83
isolées au Cameroun en 2001.