SOUCHES AFRICAINES DU VIRUS DE LA ROUGEOLE : ETUDE ...

IV. Epidémiologie moléculaire du VR
5. Epidémiologie moléculaire : outil de contrôl
- d’identifier la source et les voies de transmission du virus
- d’observer les modifications des génotypes viraux au cours du temps dans une région
donnée
- de documenter l’interruption de la transmission du virus de la rougeole
- d’évaluer l’efficacité des programmes de vaccination
Dans le cadre de la lutte contre la rougeole, la surveillance virologique a permis de
constater, qu’avec le temps, les génotypes régionaux ou endémiques changent à cause d’une
réintroduction continue du virus de la rougeole dans les régions où le virus endogène a été
éliminé. Il en résulte une diversité de génotypes comme c’est les cas aux Etats-Unis et en
Europe (Rima et al., 1995).
Dans les pays où les campagnes de vaccination soutenues ont permis d’éliminer ou de
réduire considérablement les cas de rougeole, l’épidémiologie moléculaire permet de faire la
différence entre les cas de rougeole causés par un virus endémique et ceux qui sont causés par
un virus importé. L’étude des souches de virus responsables de l’épidémie de rougeole
survenue au Luxembourg en 1996 a montré qu’ils appartenaient au génotype C2. La
comparaison des séquences de la partie C-terminale de la protéine N a montré une variabilité
nucléotidique de 0,2% (Hanses et al., 2000) parmi ces virus. Cependant, en 1997 il y a eu
plusieurs cas sporadiques de rougeole dans ce pays, laissant croire que le virus continue de
circuler de façon persistante dans la population. Bien que les virus responsables des cas
sporadiques appartiennent au même génotype que ceux de l’année précédente, la variabilité
nucléotidique entre les échantillons de 1996 et 1997 était 4 fois supérieure à celle qui a été
observée parmi les virus de 1996. Ce qui veut dire que les virus responsables des épidémies
de 1996 n’étaient pas impliqués dans l’apparition des cas sporadiques de 1997. Il apparaît que
la circulation des virus responsables de l’épidémie de 1996 s’est arrêtée et que les cas de
rougeole sporadiques étaient dus à une réintroduction du virus.
Aux Etats-Unis où le virus de la rougeole est devenu rare à cause des efforts de
vaccination intenses, la surveillance des cas de rougeole entre 1994 et 2000 n’a pas permis de
détecter de transmission d’un génotypesauvage. Par contre, la diversité des génotypes détectés
au cours de ces 7 dernières années (11 génotypes) indique l’existence de multiples sources
d’importation du virus (WHO, 2001b). Parmi les 100 cas de rougeoles rapportés aux Etats-
Unis en 1999, 66 ont été identifiés comme des cas importés (CDC, 2000). Grâce à
l’épidémiologie moléculaire, l’origine des virus impliqués dans les épidémies de rougeole
survenus aux Etats-Unis en 1994 a pu être identifiée. Il a été montré que ces virus provenaient
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