Modelowanie molekularne - metody Monte Carlo

More documents

Recommendations

Info

Wprowadzenie Pola siłowe Klasyczna metoda Monte Carlo Kwantowe metody Monte Carlo Globalna mechanika molekularna Globalna MM - niezależna od punktu początkowego; powinna odwiedzić każdy obszar hiperpowierzchni (problem ergodyczności). Schepens - liczba znalezionych konformerów jest proporcjonalna do czasu prowadzenia badań. Przykład: liczba minimów rośnie wykładniczo z ilością atomów w klastrze Lennarda-Jonnesa.
Wprowadzenie Pola siłowe Klasyczna metoda Monte Carlo Kwantowe metody Monte Carlo Globalna mechanika molekularna Analiza konformacyjna - znajdowanie konformacji w danych warunkach; w temperaturze ∼ 300K przeważają konformacje o niższej energii a zwykle najważniejsza jest konformacja odpowiadajaca minimum globalnemu. Uwaga! Rzeczywista konformacja nie zawsze jest minimum globalnym funkcji potencjału- lepszym kryterium jest minimum enegrii swobodnej E − TS (uwzględnia entropię a więc ilość dostępnych stanów przy danej energii) - w szerokiej studni potencjału jest więcej stanów oscylacyjnych niż w wąskiej (∆E = hν, ν = 1 2π √ k µ ). Czasem molekuła może wskutek przeszkód sterycznych lub czynnika zewnętrznego zostać złapana w lokalne minimum (tzw. kinetyczne np. diament, fullereny), które jest różne od globalnego (termodynamicznego).
Page 1 and 2: Wprowadzenie Pola siłowe Klasyczna
Page 19: Wprowadzenie Pola siłowe Klasyczna
Page 71 and 72:
Wprowadzenie Pola siłowe Klasyczna
Page 73 and 74:
Page 75 and 76:
Page 77 and 78:
Page 79 and 80:
Page 81 and 82:
Page 83 and 84:
Page 85 and 86:
Page 87 and 88:
Page 89 and 90:
Page 91 and 92:
Page 93 and 94:
Page 95 and 96:
Page 97 and 98:
Page 99 and 100:
Page 101 and 102:
Page 103 and 104:
Page 105 and 106:
Page 107 and 108:
Page 109 and 110:
Page 111 and 112:
Page 113 and 114:
Page 115 and 116:
Page 117 and 118:
Page 119 and 120:
Page 121 and 122:
Page 123 and 124:
Page 125 and 126:
Page 127 and 128:
Page 129 and 130:
Page 131 and 132:
Page 133 and 134:
Page 135 and 136:
Page 137 and 138:
Page 139 and 140:
Page 141 and 142:
Page 143 and 144:
Page 145 and 146:
Page 147 and 148:
Page 149 and 150:
Page 151 and 152:
Page 153 and 154:
Page 155 and 156:
Page 157 and 158:
Page 159 and 160:
Page 161 and 162:
Page 163 and 164:
Page 165 and 166:
Page 167 and 168:
Page 169 and 170:
Page 171 and 172:
Page 173 and 174:
Page 175 and 176:
Page 177 and 178:
Page 179:
show all

Modelowanie molekularne - metody Monte Carlo

Create successful ePaper yourself

Delete template?

Save as template?