Modelowanie molekularne - metody Monte Carlo

More documents

Recommendations

Info

Wprowadzenie Pola siłowe Klasyczna metoda Monte Carlo Kwantowe metody Monte Carlo Problemy z polami siłowymi Siły van der Waalsa są silnie zależne od środowiska (wpływ rozpuszczalnika) - McLachlan (1963) - przyciaganie w rozpuszczalniku jest słabsze i zakłada że różne atomy przyciągają się słabiej niż identyczne; teoria ta dopuszcza oddziaływania czysto odpychające jak w ciekłym helu. Klasyczne pola siłowe opierają się na regułach kombinatorycznych (combinatorial rules) - energia oddziaływania różnych atomów jest średnią energii oddziaływań takich samych atomów np. E(C...N) = [E(C...C) + E(N...N)]/2. Struktura białek - uczestnicy CASP (Critical Assesment of Techniques for Protein Structure Prediction) nie próbują uniknąć tego, że minimalizacja energii lub MD prowadzi do struktury różnej od wyznaczonej doświadczalnie - zamiast tego rozwinięto inne wielkości do oceny przebiegu symulacji.
Wprowadzenie Pola siłowe Klasyczna metoda Monte Carlo Kwantowe metody Monte Carlo Popularne pola siłowe MM2 - stworzone do analizy konformacyjnej małych związków organicznych; posiada duży zbiór parametrów, który jest ciągle ulepszany i dostosowywany do różnych klas związków organicznych (MM3, MM4). CFF - stworzone do ujednolicenia obliczeń energii, struktury i wibracji czasteczek i krysztalow molekularnych; program CFF posłużył do rozwinięcia wielu innych. ECEPP - do modelowania peptydow i protein; dla uproszczenia używa ustalonych geometrii aminokwasów, więc zmiennymi są tylko kąty torsyjne.
Page 1 and 2: Wprowadzenie Pola siłowe Klasyczna
Page 41: Wprowadzenie Pola siłowe Klasyczna
Page 93 and 94:
Wprowadzenie Pola siłowe Klasyczna
Page 95 and 96:
Page 97 and 98:
Page 99 and 100:
Page 101 and 102:
Page 103 and 104:
Page 105 and 106:
Page 107 and 108:
Page 109 and 110:
Page 111 and 112:
Page 113 and 114:
Page 115 and 116:
Page 117 and 118:
Page 119 and 120:
Page 121 and 122:
Page 123 and 124:
Page 125 and 126:
Page 127 and 128:
Page 129 and 130:
Page 131 and 132:
Page 133 and 134:
Page 135 and 136:
Page 137 and 138:
Page 139 and 140:
Page 141 and 142:
Page 143 and 144:
Page 145 and 146:
Page 147 and 148:
Page 149 and 150:
Page 151 and 152:
Page 153 and 154:
Page 155 and 156:
Page 157 and 158:
Page 159 and 160:
Page 161 and 162:
Page 163 and 164:
Page 165 and 166:
Page 167 and 168:
Page 169 and 170:
Page 171 and 172:
Page 173 and 174:
Page 175 and 176:
Page 177 and 178:
Page 179:
show all

Modelowanie molekularne - metody Monte Carlo

You also want an ePaper? Increase the reach of your titles

Delete template?

Save as template?