écologie des virus influenza aviaires en Camargue - IRD

Discussion générale et perspectivesDiscussion générale et perspectives.1. Écologie des virus influenza aviaires.Étudier l'écologie des virus influenza aviaires en Camargue est un projet extrêmement délicatà mettre en place de part la lourdeur de l'échantillonnage (i.e. capture d'oiseaux sauvages) etdes analyses moléculaires et virologiques nécessaires pour avoir des informations de base surces virus (i.e. faibles prévalences et sous­type). Cette thèse a permis d'apporter les premièresinformations sur la circulation de ces virus au sein de l'avifaune sauvage en Camargue. Lesrésultats génèrent cependant de nouvelles questions et permettent d'envisager de nombreuxaxes de recherches dans le futur.1.1. Dynamique temporelle d'infection.L'étude des virus influenza en Camargue a permis d'accroître nos connaissances sur lacyclicité des prévalences d'infections d'une large diversité d'espèces d'oiseaux sauvages. Nosrésultats mettent clairement en évidence un effet de la saison et de l'espèce sur cetteprévalence. D'autres travaux réalisés en Europe ont montré des patrons similaires d'infection,dépendant également de l'espèce étudiée et de la période de l'année (e.g. De Marco et al.2004; Munster et al. 2007; Wallensten et al. 2007). En Camargue, il apparaît nettement queles canards du genre Anas font office de réservoir naturel de ces virus et que le début del'automne (septembre) est la période où ces oiseaux sont le plus infectés. Il semble égalementque les sarcelles d'été (Anas querquedula) jouent un rôle majeur dans l'épidémiologie de cesvirus de par leurs fortes prévalences d'infection. Ce résultat nécessite des investigations plusapprofondies étant donné le faible échantillonnage pour cette espèce d'oiseaux, et s'avèreparticulièrement intéressant compte tenu de leur passage migratoire post­nuptial enCamargue plus tôt que les autres espèces de canards (Blondel & Isenmann 1981).Afin de comprendre de manière plus globale les cycles épidémiologiques liés à cesvirus en Camargue, la recherche d'oiseaux infectés couplée avec une étude d'immunoécologie,permettrait de mesurer la dynamique temporelle de séro­conversion (i.e.145