écologie des virus influenza aviaires en Camargue - IRD

Discussion générale et perspectivesKawaoka et al. 1988; Fouchier et al. 2005). Les connaissances portant sur l'infection de cesoiseaux par les virus influenza aviaires sont cependant très inégales. Par exemple, enAmérique du Nord, certaines espèces de limicoles ont été identifiées comme ayant un rôleclé dans l'épidémiologie de ces virus (Hanson et al. 2008) et de fortes prévalences ont étéenregistrées (pouvant atteindre 10%). La Camargue étant une zone d'arrêt migratoire pour denombreuses espèces de limicoles (Blondel & Isenmann 1981), il serait intéressant d'envisagerdans le futur la mise en place de captures, prélèvements et analyses sur ces espèces. Cetravail pourrait également être couplé avec des perspectives méthodologiques. En effet, lesprélèvements étant réalisés par récolte de fientes fraîches au sol, dans des milieux aquatiquessalés, il est possible que la quantité et qualité de virus soit limitées et que la présence de selsinterfère avec les réactions de PCR. Cet aspect technique n'est pas à négliger dans nosrésultats de prévalences d'infections mesurées chez les mouettes et goélands et pourrait êtreun biais dans l'étude des virus influenza dans les milieux aquatiques salés.Enfin, ces oiseaux vivant dans des écosystèmes aquatiques différents de ceux utiliséspar les canards (i.e. milieux salés), et à des périodes de l'année différentes (i.e. printemps,été), il est probable que les caractéristiques génétiques des virus ainsi que leur modalité decirculation soient différentes de celles détectées chez les Anseriformes. Ces virus sont­ilsplus résistants à de fortes salinités et à des températures élevées ? Sont­ils spécifiques de cesespèces ? Des virus issus de réassortiments entre lignées génétiques et géographiquesdifférentes, comme le virus H9N2 étudié dans l'Article 4, sont­ils fréquents chez ces oiseaux? L'étude des virus influenza aviaires dans ces populations et écosystèmes est doncprometteuse tant les questions et approches peuvent être diverses et originales (e.g. écologiede l'hôte, caractéristiques génétiques des virus, conditions physico­chimiques du milieu).1.3. Rôle réservoir des écosystèmes aquatiques.Les résultats présentés dans l'Article 5 montrent pour la première fois que la dynamiquetemporelle d'infection par les virus influenza dans les communautés d'oiseaux sauvages estrégie principalement par la capacité de persistance de ces virus dans l'eau. Il est suggérédepuis longtemps que les écosystèmes aquatiques peuvent faire office de réservoir147