écologie des virus influenza aviaires en Camargue - IRD

Introduction4. Objectifs et questions abordées.Mon travail s'inscrit dans le contexte de l'émergence des zoonoses, et des relations que lespathogènes responsables de ces maladies entretiennent avec les écosystèmes. Plusieursobjectifs ont été définis et m'ont donné l'opportunité de travailler avec différentes approcheset méthodes de travail. Le premier objectif était d'aborder l'étude des interactions entre« activités humaines, parasitisme et écosystèmes » par l'intermédiaire de travaux de synthèseet de réflexion. Le second objectif visait à étudier plus en détail l'écologie des virusinfluenza aviaires en Camargue afin de répondre à des questions de base, mais d'importancemajeure, telles que: quelles sont les prévalences d'infection des oiseaux par ces virus ?Quelles sont les espèces concernées ? Quelle est la dynamique temporelle d'infection ?Quelles sont les caractéristiques génétiques des virus circulant ? Les écosystèmes aquatiquesont­ils un rôle de réservoir pour ces virus ? Afin d'apporter des connaissances et deséléments de discussion sur l'émergence et la propagation de formes hautement pathogènes(HP) des virus influenza aviaires, le troisième objectif était d'étudier plus spécifiquement levirus H5N1 HP, à l'échelle de la Camargue mais aussi à une échelle plus large, afinnotamment de mettre en valeur la nécessité d'intégrer les connaissances relatives à l'écologiede l'hôte et au fonctionnement des écosystèmes dans l'étude de cette maladie émergente.Cette thèse est donc composée de trois chapitres. Le premier traite des interactionsentre les activités humaines, le parasitisme et les écosystèmes. Cette thématique a étéabordée à travers deux articles, l'un portant sur l'impact des activités humaines sur l'évolutiondes pathogènes (Article 1) et l'autre sur les conséquences du surpeuplement dans les espacesprotégés sur la transmission parasitaire (Article 2).Le second chapitre traite de la circulation des virus influenza aviaires en Camargue.Ce chapitre synthétise dans une première partie les connaissances actuelles sur l'écologie etl'évolution de ces virus. Je présente ensuite les résultats de trois années de suivi deprévalences d'infections réalisés sur une large diversité d'espèces d'oiseaux en Camargue.Certains de ces résultats sont publiés (Article 3 et 4). Enfin, ce chapitre se termine par untravail mettant en valeur l'importance des écosystèmes aquatiques dans la dynamiquetemporelle d'infection, au sein des communautés d'oiseaux présents en Camargue (Article 5).7