écologie des virus influenza aviaires en Camargue - IRD

Influenza aviaires en CamargueChapitre II: Influenza aviaires en Camargue.1. Écologie et évolution des virus influenza aviaires.1.1. Généralités.Les virus influenza aviaires (ou influenza de type A) sont des virus enveloppés, sphériques,mesurant de 80 à 120 nanomètres de diamètre, appartenant à la famille desOrthomyxoviridae. Ils se distinguent des virus influenza de type B et C principalement sur labase de différences antigéniques de deux protéines internes: la nucléoprotéine et la protéinede la matrice (Webster et al. 1992). Le génome des virus influenza de type A est constitué dehuit segments d’ARN monocaténaires de polarité négative, codant pour onze protéines(Obenauer et al. 2006; Figure 3). Deux de ces protéines, l'hémagglutinine et laneuraminidase, ont un rôle clé dans l’infection et la réplication du virus et, de ce fait,représentent les principales cibles du système immunitaire de l’hôte (Suarez & Schultz­Cherry 2000; Subbarao & Joseph 2007). En effet, situées à la surface du virus,l’hémagglutinine (HA) assure la fixation et la pénétration du virus à l’intérieur de la celluleet la neuraminidase (NA) permet la libération des nouveaux virions après la phase demultiplication virale. Les virus influenza de type A se distinguent par la forte diversitégénétique de ces deux protéines, avec seize types d'hémagglutinine (H1 à H16) et neuf deneuraminidase (N1 à N9) décrits à ce jour (Webster et al. 1992; Fouchier et al. 2005).Différents sous­types (notés HxNy) sont identifiés selon la combinaison de ces deuxprotéines et, pour chaque sous­type, plusieurs souches génétiquement différentes peuventêtre distinguées.1.2. Hôtes naturels et cycle viral.Bien qu'ils soient principalement inféodés aux oiseaux, les virus influenza aviaires affectentégalement plusieurs espèces de mammifères telles que l’homme, le porc, le cheval, le chat, lechien, le phoque, certains cétacés et mustélidés (Wallensten 2007). Les oiseaux d'eaux, et en31