écologie des virus influenza aviaires en Camargue - IRD

Discussion générale et perspectiveséchelles géographiques plus fines a pendant longtemps été exclue (Webster et al. 1992).Cependant, Pereda et al. (2008) ont récemment montré une circulation de lignées génétiquesde virus H13N9 probablement endémiques d'Amérique du Sud. Ce nouveau résultat montreque de tels aspects ont sans doute été sous­estimés jusqu'alors. Il sera intéressant d'accumulerdans les années à venir plus de données sur les caractéristiques génétiques des viruscirculants, afin de voir notamment si une circulation endémique est possible en Camargue,en particulier pour les virus H9.Concernant les virus hautement pathogènes il est très peu probable de les détecter enCamargue du fait (i) de leur faible circulation chez les oiseaux sauvages (Chen et al. 2006a;Gaidet et al. 2008) et (ii) de l'absence d'élevages intensifs d'oiseaux domestiques en contactavec la faune sauvage, condition principale à l'émergence de tels virus (Banks et al. 2000; Itoet al. 2001). Ainsi, si la Camargue reste un point chaud en terme d'introduction et detransmission de virus influenza aviaires, de part sa situation géographique, elle ne participesans doute pas à l'émergence de formes hautement pathogènes au sein de la faune sauvage.Dans l'Article 8 nous mettons en avant les modifications nécessaires sur les écosystèmesdans lesquels les virus influenza évoluent, pour favoriser l'émergence de formes hautementpathogènes. Les travaux portant sur l'écologie et l'évolution de ces virus, dans lesécosystèmes naturels mais également modifiés par l'homme, apporteront probablement desinformations clés sur les pressions de sélections favorisant leur émergence et persistance.Ainsi, de nombreuses questions peuvent être abordées en conditions naturelles. Parmielles, l'étude des conditions écologiques favorisant l'infection d'un hôte par deux virus (coinfection)et les réassortiments viraux est particulièrement prometteuse. En effet, cemécanisme génétique a un rôle majeur dans l'évolution de ces virus puisqu'il leur permetd'échanger rapidement leur génome et ainsi de répondre efficacement à des changements depression de sélection (Dugan et al. 2008). Quelles sont les caractéristiques génétiques quipermettent aux virus d'optimiser la survie dans l'eau, ou bien de maximiser leur duréed'excrétion dans l'hôte tout en infligeant des coûts moindres sur sa physiologie et soncomportement ? Les réponses à ces questions permettront de mieux comprendre lesmécanismes favorisant la sélection et l'émergence de virus influenza en conditions naturelles.Des perspectives similaires peuvent être envisagées dans des écosystèmes artificiels(i.e. élevages plus ou moins intensifs). Favoriser la diversité en hôtes permet­elle de diminuer149