écologie des virus influenza aviaires en Camargue - IRD

Discussion générale et perspectivesdéveloppement d'anticorps spécifiques des sous­types circulants). Certaines études ontmontré des taux de séro­prévalences particulièrement élevés et différents selon les espècesétudiées (De Marco et al. 2004). En Camargue, il est probable que l'évolution du nombred'animaux possédant ces anticorps soit inversement proportionnelle à la prévalence d'oiseauxinfectés au cours de l'hiver. Il serait également intéressant de voir si des mécanismesd'immunité croisée permettent aux canards d'être résistants à plusieurs souches circulantdurant la même saison. De nombreuses axes de recherches sont envisageables sur ces aspectset apporteront sans aucun doute des informations importantes concernant la dynamiquetemporelle d'infection par les virus influenza aviaires, chez les canards hivernant enCamargue.Concernant des aspects plus méthodologiques, l'amélioration des méthodes dedétection des virus et la mise au point de protocoles standardisés pour le typage viral parqRT­PCR a permis d'accroître considérablement la qualité des analyses. Un certain nombred'incertitudes concernant les résultats de ce travail sont cependant à énoncer. Il est parexemple probable que de nombreux virus n'aient pas été détectés du fait de la mauvaisequalité du prélèvement (e.g. charge virale trop faible dans l'échantillon due à un prélèvementréalisé en début ou fin de période d'excrétion, présence d'inhibiteurs de PCR). Les méthodesayant évolué au cours des trois années d'études, la sensibilité n'a pas été la même entre lestrois saisons d'hivernage et rend difficile l'interprétation des différences de prévalencesmesurées. De nombreuses questions et approches expérimentales pourraient également êtreapprofondies dans ce domaine afin d'apporter, à plus large échelle, des informations sur lesméthodes permettant de détecter et caractériser les virus influenza aviaires dans lespopulations naturelles de manière optimale. La caractérisation, dans les fèces, d'inhibiteurspotentiels (e.g. bactéries) des réaction de PCR et la détermination d'une quantité minimale defientes nécessaire pour détecter la présence du virus chez un individu infecté sont parexemple des aspects qu'il serait intéressant d'étudier.1.2. Détection de virus chez les laro­limicoles.Certaines espèces d'oiseaux appartenant à l'ordre des Charadriiformes semblent être infectéespar des virus particuliers, appartenant aux sous­types H13 et H16 (Hinshaw et al. 1982;146