écologie des virus influenza aviaires en Camargue - IRD

Résumé: Les maladies infectieuses émergentes sont aujourd'hui particulièrement étudiées etsurveillées du fait de l'augmentation sans précédent de leurs nombres, de leurs vitesses et échelles dedispersion, que ce soit au sein de la faune sauvage, domestique ou des populations humaines. Chezl'homme, il est estimé aujourd'hui que 75% de ces maladies émergentes ont une origine zoonotique,c'est à dire causées par des agents infectieux pouvant se transmettre naturellement entre l'homme etd'autres espèces d'animaux vertébrés. L'origine de l'émergence de ces zoonoses est à relierdirectement avec les perturbations générées par l'homme sur son environnement naturel à plus oumoins grande échelle. Mon travail s'inscrit dans ce contexte et se focalise plus particulièrement surles interactions entre les pathogènes responsables de ces maladies et les écosystèmes. Les objectifs dema thèse étaient donc (i) d'aborder l'étude des interactions entre activités humaines, parasitisme etécosystèmes, par l'intermédiaire de travaux de synthèse et de réflexion; (ii) d'étudier plus en détaill'écologie des virus influenza aviaires en Camargue et plus particulièrement les prévalencesd'infections des communautés d'oiseaux présents tout au long de l'année, le rôle des écosystèmesaquatiques dans la dynamique temporelle de la maladie et les caractéristiques génétiques des viruscirculant; (iii) d'étudier plus spécifiquement le virus hautement pathogène H5N1, à l'échelle de laCamargue mais aussi à une échelle plus large. Il est notamment mis en valeur la nécessité d'intégrerles connaissances relatives à l'écologie de l'hôte et au fonctionnement des écosystèmes dans l'étude decette maladie émergente. Les travaux effectués ont permis d'accroître nos connaissances concernantl'écologie des virus influenza en Camargue et, plus généralement, de souligner la nécessité d'étudierles pathogènes responsables des zoonoses émergentes à l'échelle des écosystèmes.Mots clés: écologie évolutive, maladies infectieuses émergentes, écosystèmes aquatiques,biodiversité, parasitisme, virus, influenza A, grippe aviaire, H5N1, H9N2, Anatidae, Laridae, Larusmelanocephalus, Camargue.Infectious diseases and ecosystems: ecology of avian influenza virusesin the Camargue (South of France)Abstract: Emerging infectious diseases are particularly studied and monitored today because of theirunprecedented increase in number, speed and wideness of dispersion within wildlife, domestic orhuman populations. In humans, it is now estimated that 75% of these emerging diseases have azoonotic origin, meaning they are caused by infectious agents that can be transmitted naturallybetween humans and other vertebrate animal species. The origin of the emergence of these zoonosesis directly linked to human interference with the natural environment, to a greater or lesser degree.Within this framework, my thesis specifically focuses on the interactions between pathogensresponsible for these diseases and ecosystems. The objectives were (i) to study interactions betweenhuman activities, parasites and ecosystems through synthesis and discussion papers; (ii) to study inmore detail the ecology of avian influenza viruses in the Camargue, especially the prevalence ofinfections in bird communities present throughout the year, the role of aquatic ecosystems in thetemporal dynamics of the disease, and genetic characteristics of the circulating virus; (iii) to studymore specifically highly pathogenic H5N1 viruses within the Camargue but also on a wider scale,particularly to highlight the need to integrate knowledge about the ecology of the host and thefunctioning of ecosystems in the study of this emerging disease. The work led to increased knowledgeof the ecology of influenza virus in the Camargue and, more generally, to stress the need to studypathogens responsible for emerging zoonotic diseases at the level of ecosystems.Keywords: evolutionary ecology, emerging infectious diseases, aquatic ecosystems, biodiversity,parasitism, virus, influenza A, bird flu, H5N1, H9N2, Anatidae, Laridae, Larus melanocephalus,Camargue.Discipline: Biologie de l'Évolution et Écologie.Laboratoires: (i) Génétique et Évolution des Maladies Infectieuses, UMR CNRS/IRD 2724, IRD –911 avenue Agropolis, BP 64501, 34394 Montpellier cedex 5; (ii) Centre de recherche de la Tour duValat, Le Sambuc, 13200 Arles.