écologie des virus influenza aviaires en Camargue - IRD

Discussion générale et perspectivesenvironnemental pour ces virus (Hinshaw et al. 1979; Stallknecht et al. 1990a,b).Paradoxalement, le nombre de travaux portant sur ces aspects est extrêmement limité. Parexemple, les caractéristiques génétiques sous­jacentes à la capacité de persistance de cesvirus dans l'environnement ne sont pas étudiées alors que des variations de survie des virusinfluenza ont été enregistrées entre sous­types (Stallknecht, communication personnelle),mais également entre souches et entre formes hautement et faiblement pathogènes (Brown etal. 2007).La Camargue est composée d'une grande diversité d'écosystèmes aquatiques,directement liée à l'utilisation du milieu. La répartition des oiseaux d'eau est doncdépendante de ces milieux et il est également probable que leurs caractéristiques abiotiquesinfluent localement sur la persistance et la circulation des virus influenza. Dans ce contexte,il serait donc possible d'étudier directement les interactions entre activités humaines,caractéristiques des écosystèmes et circulation de ces virus. De tels aspects sont trèsintéressants et s'avèrent particulièrement cruciaux dans le contexte actuel de l'émergence deformes hautement pathogènes et dans un but de gestion et de prévention des habitatspotentiellement à risque.2. Maladies infectieuses émergentes et écosystèmes.2.1. Émergence de virus influenza aviaires et modification des écosystèmes.Les mécanismes favorisant l'émergence de nouveaux virus influenza en Camargue n'ont pasdirectement été abordés dans le cadre de mon travail. Les résultats publiés dans l'Article 4montrent cependant comment il est possible de détecter des « nouveaux » virus, issus deréassortiments entre lignées génétiques d'origines géographiques différentes. Les premiersrésultats des analyses génétiques réalisées montrent également une forte proportion de virusde type H9, habituellement très rarement détectés en Europe (Munster et al. 2007). Cerésultat pourrait suggérer une circulation de ces virus spécifiques à la Camargue. Les virusinfluenza aviaires se divisent en effet en souches géographiquement différentes, entreAmérique et Eurasie (Olsen et al. 2006). La possibilité de différences de circulation à des148