écologie des virus influenza aviaires en Camargue - IRD

Chapitre II3. Identification des virus circulant.La seconde étape de l'analyse des échantillons a consisté à déterminer les caractéristiquesgénétiques des virus détectés. Cette étape est particulièrement longue à réaliser et uneimportante phase de mise au point des méthodes a du être effectuée. Les résultats présentésdans ma thèse sont donc partiels et ne peuvent pas conduire à une interprétation globale descaractéristiques génétiques des virus circulant en Camargue.3.1. Méthodologie.Tous les échantillons positifs ont été analysés en priorité pour la forme hautement pathogènedu virus H5N1 (méthode détaillée dans l'Article 7). La technique de détection est une qRT­PCR temps réel (avec des sondes d’hybridations Taqman respectivement spécifiques desgènes H5 et N1 aviaire). Pour chaque virus identifié H5 et H7 le site de clivage est séquencéafin de vérifier qu'il ne comporte pas l'insertion peptidique caractéristique des virushautement pathogènes (Figure 4).Les autres sous­types sont ensuite testés pour les échantillons positifs. Afin demaximiser les chances de détermination du sous­type, nous nous sommes basés sur lesconnaissances génétiques des virus circulants dans la faune sauvage en Europe. Les soustypesH4, H6, N2 et N6 ont donc été testés en priorité du fait de leur forte prévalence chezles canards en Europe du Nord (Munster et al. 2007). Les méthodes de caractérisation dusous­type par RT­qPCR sont encore à l'étape de validation ou de mise au point à l'InstitutPasteur. Les résultats présentés concernant le typage viral sont donc encore à l'étatd'acquisition. A ce jour les sous­types H5, N1 mais également H7 et H9 (méthode modifiéed'après Tsukamoto et al. in press) ont été identifiés avec certitude. Les sous­types H1, H4,H6, N2 et N6 ont été identifiés mais les méthodes utilisées sont en cours de validation.L'étape suivante consiste à isoler les virus d'intérêt afin d'obtenir une grande quantitéde matériel génétique et de procéder au séquençage de leur génome. Ces étapes étant encoreen cours de réalisation, les résultats issus de ces manipulations ne seront pas présentés ici(excepté ceux de l'Article 4).42