A kémiai kötés - Szerves Kémiai Tanszék

122a kapcsolódó -aminosavak sorrendjeA fehérjék szekunder szerkezeteAz alapkonformációt -kötések, ugyanakkor a legstabilabb állapot kialakulását a nemkovalens kötések határozzák meg (hidrogénhidak, van der Waals erők).Röntgendiffrakciós vizsgálatok megállapították, hogy a polipeptidlánc térbeli elhelyezkedésea legstabilabb kétféle pozícióval: redőzött vagy -struktúrahélix strukturaRedőzött struktúraA fehérjemolekulák között kialakul a hidrogénkötés, azonban a nagy térkitöltésű oldalláncokvan der Waals taszítása következtében ezek nem lehetnek stabilisak.OH O R H H O R H HNNNNNH R H O H R H OHNOHRNHORHHNOHRNHORHHNOA peptidkötésnek olyan kedvező konformációt kell felvennie, hogy zavartalanulalakulhassanak ki a hidrogén kötések, és a van der Waals rádiuszok is megfelelőeklegyenek. Az amidkötésben a nitrogénatom nemkötő elektronjai konjugációskölcsönhatásba kerülnek a karbonilcsoporttal, ez azt eredményezi, hogy az amidkötésmentén a szabad rotálás gátolt és így rögzített lesz. A szabad rotálás viszont az N-C(R)Hill. a H(R)C-C tengely körül lehetséges, úgy hogy az amidkötés síkja elfordul.ONHRHOHNONHRHOHNAz elfordulás következtében a közvetlenül kapcsolódó szomszédos atomok konformációjanem változik meg, ellenben megváltozik az egymáshoz kapcsolódó szomszédos atomokviszonylagos helyzete.Ebben az esetben lesz a közvetlenül kapcsolódó atomok van der Waals rádiusza alegmegfelelőbb. A redőzött (plisszírozott) struktúra, mint energetikailag stabilis konformáció