DIPLOMOVÁ PRÁCE - Vysoká škola chemicko-technologická v Praze

More documents

Recommendations

Info

Obr. 9. Struktura matrixového proteinu M-PMV. N-konec je znázorněn červeně, C-konec je znázorněn modře. Červeně jsou zvýrazněny threoniny 41 a 78. Matrixový protein M-PMV (Obr. 9) je o něco ktratší než HIV-1 MA. Je tvořen 100 aminokyselinami. Jeho sekundární struktura se skládá ze čtyř α-helixů propojených krátkými smyčkami uspořádaných podobně jako první čtyři helixy HIV-1 MA. V M-PMV MA se nachází dvě oblasti bazických aminokyselin. První je analogická N-terminálním bazickým doménám MA ostatních retrovirů. Druhá oblast se nachází na druhé straně proteinu a nemá obdobu u jiných MA, její funkce není známa. Struktura byla určena pomocí NMR 4,23 . Kromě struktury divokého typu (wt) byla určena struktura mutantu, který má arginin na posici 55 nahrazen fenylalaninem. Sruktura mutantu se od divokého typu liší změnou úhlu, který spolu svírají helixy II a III, a tím dochází k reorientaci celé C-koncové domény 23 . Tato mutace způsobuje změnu morfogenetického typu z D na C (viz. kapitola 2.4) 13 . 2.4 Významné mutace v MA proteinu Vzhledem k malé homologii v primárních strukturách matrixových proteinů jednotlivých retrovirů, není mnoho bodových mutací, které by měly stejný efekt u všech retrovirů. Příkladem mutace, která ovlivňuje všechny retroviry stejným způsobem, je poškození myristoylačního signálu například záměnou glycinu na pozici 2 za alanin (G2A). Mutace znemožní transport proteinů Gag k cytoplasmatické membráně 49 (viz. kapitola 2.3.1.1). 22
2.4.1 Významné mutace v HIV-1 MA Matrixový protein viru HIV-1 byl podroben celé řadě mutačních studií. V následující tabulce jsou shrnuty výsledky nejdůležitějších z nich. Tab. III shrnutí fenotypů významných mutantů HIV-1 MA Mutace Stabilita proteinu Schopnost skládat Schopnost uvolnit Infektivita vzniklých Gag virovou částici virovou částici z částic buňky wt + + + + L8A + - - - S9A + + + - L13E + + - - W16A + ++ + - K18I + + - - R20G + + - - L21S/K + ++ + - R22A + + - - L31E + + - - K32L + + - - W36A + ++ + - R39E/R43E + I - - A45I + + + - L50A/L51A - - - - G56E - - - - C57D/S + - - - I60E + - - - 23
Page 1 and 2: VYSOKÁ ŠKOLA CHEMICKO-TECHNOLOGIC
Page 3 and 4: SOUHRN Mason-Pfizerův opičí viru
Page 5 and 6: Obsah 1. Úvod.....................
Page 7 and 8: 1. Úvod HIV je dnes, vzhledem k pa
Page 9 and 10: Obr. 1. Elektronmikroskopické sní
Page 11 and 12: kónický 6 , u M-PMV je válcový
Page 13 and 14: Životní cyklus viru (Obr. 3) lze
Page 15 and 16: frekvence mutací během replikace
Page 17 and 18: 2.3 Matrixový protein Matrixový p
Page 19 and 20: k stabilnímu udržení proteinu na
Page 21 and 22: nitř této domény jsou také zbyt
Page 23 and 24: Pro časnou fázi životního cyklu
Page 25 and 26: Některé mutace v MA jak u HIV-1 t
Page 27: Matrixový protein HIV-1 obsahuje 1
Page 31 and 32: Mutace L13E, K18I, R20G, R22A, L31E
Page 33 and 34: 3. Experimentální část 3.1 Mate
Page 35 and 36: Roztoky pro tricin - SDS PAGE Vzork
Page 37 and 38: Roztok IV 1 g AgNO 3 0,38 ml 37% HC
Page 39 and 40: laminární box - Clean air Woerden
Page 41 and 42: 3.2.3.1 Produkce izotopově obohace
Page 43 and 44: 3.2.9 Příprava vzorků pro NMR ex
Page 45 and 46: esiduální dipolární kaplingy by
Page 47 and 48: Dráha 4 Supernatant po lýzi Dráh
Page 49 and 50: A B Obr. 12 Srovnání HN-HSQC T41I
Page 51 and 52: 0,5 0,4 0,3 0,2 0,1 0 2 12 22 32 42
Page 53 and 54: 4.3.2 Výpočet struktury Základem
Page 55 and 56: A B Obr. 17 Porovnání 13 C-NOESY
Page 57 and 58: Obr. 19 Průměrná struktura dvoji
Page 59 and 60: Obr. 20 Ramachandranův diagram pro
Page 61 and 62: Obr. 21 Srovnání změřených (č
Page 63 and 64: T41I/T78I Divoký typ Obr. 23 Srovn
Page 65 and 66: 5. Diskuze 5.1 Příprava rekombina
Page 67 and 68: turních prvků proteinu. Z minimá
Page 69 and 70: 6. Závěr • Podařilo se připra
Page 71 and 72: 7. Literatura 1. Strnad P, Haubová
Page 73 and 74: 20. Barabas,O. et al. dUTPase and n
Page 75 and 76: 40. Nagar,B. et al. Structural Basi
Page 77 and 78: 59. Freed,E.O., Englund,G., Maldare
Page 79 and 80:
79. Gasteiger,E. et al. Protein Ide
Page 81 and 82:
8. Seznam použitých symbolů a zk
Page 83 and 84:
R55F mutant matrixového proteinu,
show all

DIPLOMOVÁ PRÁCE - Vysoká škola chemicko-technologická v Praze

You also want an ePaper? Increase the reach of your titles

Delete template?

Save as template?