DIPLOMOVÁ PRÁCE - Vysoká škola chemicko-technologická v Praze

Obr. 19 Průměrná struktura dvojitého mutantu T41I/T78I matrixového proteinu M-PMV, N-
konec je znázorněn modře, C-konec je červený.
4.3.3 Zhodnocení kvality vypočtených struktur
Struktury proteinů získané pomocí NMR lze zhodnotit podle počtu experimentálních parametrů
použitých při výpočtu, počet těchto parametrů, které jsou ve struktuře porušené a
podle odchylek od ideální struktury. Tyto parametry jsou shrnuty v tabulce V.
Počet vzdálenostních omezení odpovídá proteinu této velikosti. Počet porušených parametrů,
stejně jako odchylek od idealizované geometrie je velmi malý, podobně jako u struktur divokého
typu.
Dalším způsobem posouzení struktury je Ramachandranův diagram (Obr. 20). V tomto diagramu
jsou vůči sobě vyneseny dihedrální úhly φ a ψ a jsou zde vyznačeny nejvýhodnější
oblasti. V Ramachandranově diagramu spočteném pro jednu ze struktur je většina dvojic dihedrálních
úhlů v oblasti odpovídající α-helixu a žádná dvojice není v nedovolené oblasti ani
ve „velkoryse“ povolené oblasti (s výjimkou glycinů a prolinů). Statistické rozdělení dihedrálních
úhlů v jednotlivých strukturách je v tabulce V.
51