DIPLOMOVÁ PRÁCE - Vysoká škola chemicko-technologická v Praze

Co způsobuje vznik dalších signálů bezprostředně po přípravě, není zatím objasněno. Předpokládáme,
že tyto signály mohou být způsobeny molekulami proteinu, u kterého neproběhla
plně renaturace, a která byla dokončena během stání proteinu při laboratorní teplotě po několika
dnech.
5.2 Výpočet a zhodnocení struktury T41I/T78I mutantu
Z porovnání chemických posunů divokého typu MA a mutantního MA vyplývá, že oblasti
největších změn jsou lokalizované okolo mutací, neboť zde došlo k výměně aminokyseliny a
chemické posuny atomů sousedních aminokyselin jsou ovlivněny jinými atomy. K velkým
změnám chemického posunu došlo na konci druhého helixu (aminokyseliny 39-45), kde se
nachází jedna z mutací a také zde došlo k prodloužení II. helixu o jednu otáčku, a v oblasti
okolo aminokyseliny 32, k níž je orientován postranní řetězec isoleucinu 78. Další oblastí,
kde došlo k větší změně chemických posunů, je spojka mezi III. a IV. helixem. V této oblasti
je oproti struktuře divokého typu patrná helikální otáčka v oblasti 71.-74. aminokyseliny,
která se ve struktuře divokého typu nevyskytuje. Poslední oblastí větších změn chemických
posunů amidických atomů je IV. helix, který má oproti divokému typu jinou orientaci vůči
druhému helixu.
Mutace výrazně nezměnily pozice a orientace helixů oproti divokému typu. Došlo pouze ke
změnám v délce helixů v okolí mutací (ve struktuře divokho typu jsou obě mutované aminokyseliny
posledními aminokyselinami na okrajích příslušných helixů). Mutace T41I vedla
k prodloužení helixu II o jednu otáčku. Pravděpodobnou příčinou je hydrofobní interakce
mezi isoleucinem 41 a fenylalaninem 45, která tuto otáčku stabilizuje. Naopak isoleucin 78
není součástí helixu IV, neboť je značně vychýlen směrem k helixu II.
Ze superpozice vypočtených struktur je patrné, že nejflexibilnější oblastí je kromě N a C
konce smyčka mezi helixem II a III, což koresponduje se strukturami divokého typu i mutantu
R55F MA. Nejrigidnější částí strukturního motivu jsou naopak oblasti všech α-helixů.
RDC se podařilo naměřit až po přiřazení signálů NOE, a nebyly proto použity pro výpočet
struktury. Byly však využity pro zhodnocení správnosti vypočtené struktury, neboť RDC jsou
nezávislé na NOE interakcích a velmi citlivě reagují na jakoukoliv změnu orientace struk-
60