DIPLOMOVÁ PRÁCE - Vysoká škola chemicko-technologická v Praze

4.3.3.1 Validace struktury pomocí residuálních dipolárních interakčních
konstant
Residuální dipolární interakční konstanty (RDC) podávají informaci o orientaci vektoru vazby
vůči směru externího magnetického pole a poskytují tak prostorovou informaci zcela nezávislou
na NOE interakcích. Tento experimentální parametr není pozorovatelný v kapalné
fázi za běžných podmínek, neboť v isotropním prostředí je jeho střední hodnota rovna nule
díky rychlým fluktuacím molekul. Je proto nutné provádět měření v anisotropním prostředí
tak, aby došlo k částečné orientaci molekuly vzhledem ke směru externího magnetického
pole. Na rozdíl od NOE nejsou závislé na svém okolí a mohou být proto využity především
pro určení úhlů, které mezi sebou svírají jednotlivé domény proteinu (např. i helixy), ale lze
je také použít ke zpřesnění výpočtu struktur jako další experimentální omezení nebo jako
prostředek k ověření správnosti vypočtené struktury. Nejčastěji jsou měřeny 1 H- 15 N RDC na
15 N obohaceném vzorku.
V případě MA proteinů bylo možné naměřit RDC pouze v polyakrylamidovém gelu, nejprve
o koncentraci 5,5% polyakrylamidu. Tato koncentrace se však ukázala jako příliš vysoká,
neboť došlo ke zrychlení spin-spinové relaxace, což v konečném důsledku vedlo k rozšíření
signálů a ztrátě rozlišení jednotlivých resonancí. Takto se podařilo odečíst pouze 25 interakcí.
Proto byl připraven nový vzorek, který byl umístěn do 4,5% ního polyakrylamidového
gelu. Zde již byly signály užší a intenzivnější a podařilo se odečíst 43 hodnot. Získané RDC
byly použity pro výpočet struktury, ale jejich použití strukturu nezměnilo, což svědčí o jejich
velmi dobré shodě s již vypočtenými strukturami.
54