DIPLOMOVÁ PRÁCE - Vysoká škola chemicko-technologická v Praze

More documents

Recommendations

Info

3.2.6 Gelová permeační chromatografie ........................................................................36 3.2.7 Elektroforesa v polyakrylamidovém gelu obsahujícím SDS (SDS-PAGE) ....36 3.2.8 Koncentrování roztoků proteinu ............................................................................36 3.2.9 Příprava vzorků pro NMR experimenty ...............................................................37 3.2.10 NMR spektroskopie.................................................................................................37 3.2.11 Výpočet struktury ....................................................................................................38 3.2.12 Interpretace a srovnání struktur .............................................................................39 3.2.13 Residuální dipolární interakční konstanty............................................................39 4. Výsledky ......................................................................................................................... 40 4.1 Příprava rekombinantního proteinu ........................................................................ 40 4.2 Přiřazení chemických posunů atomů proteinu........................................................ 41 4.2.1 Porovnání chemických posunů atomů HN a N mutantu a divokého typu .......43 4.3 Výpočet struktury.................................................................................................... 45 4.3.1 Odhad sekundární struktury pomocí výpočtu indexu chemických posunů (CSI) ......45 4.3.2 Výpočet struktury ....................................................................................................47 4.3.3 Zhodnocení kvality vypočtených struktur ............................................................51 4.4 Porovnání struktur mutantu T41I/T78I a divokého typu MA proteinu .................. 56 5. Diskuze ........................................................................................................................... 59 5.1 Příprava rekombinantního proteinu ........................................................................ 59 5.2 Výpočet a zhodnocení struktury T41I/T78I mutantu.............................................. 60 5.3 Odhad pozice zbytku kyseliny myristové............................................................... 61 6. Závěr ............................................................................................................................... 63 7. Literatura......................................................................................................................... 65 8. Seznam použitých symbolů a zkratek............................................................................. 75 9. Přílohy............................................................................................................................. 78 VI
1. Úvod HIV je dnes, vzhledem k pandemii AIDS podrobován intenzivnímu zkoumání. Mason- Pfizerův opičí virus je modelovým organismem nejen pro HIV, ale obecně pro výzkum retrovirů. Oproti HIV má výhodu, že je nepřenosný na člověka. V celém životním cyklu retrovirů hraje významnou roli matrixový protein. V matrixovém proteinu Mason-Pfizerova opičího viru bylo identifikováno několik bodových mutací, které ovlivňují různé fáze životního cyklu viru. Studium těchto mutantů metodami molekulární biologie nám umožňuje popsat účinek těchto mutací na molekulární úrovni. Doposud byla určena třírozměrná struktura divokého typu matrixového proteinu Mason- Pfizerova opičího viru a také struktura mutantu R55F, který způsobuje změnu morfogenického typu z D na C. V této práci se zabýváme určením struktury dvojitého mutantu T41I/T78I matrixového proteinu Mason-Pfizerova opičího viru. Tato mutace brání viru pučet skrz cytoplasmatickou membránu ven z buňky. Použitím nukleární magnetické resonance se mi podařilo určit strukturu zmutovaného proteinu, kterou jsem porovnal se známou strukturou divokého typu matrixového proteinu. 1
Page 1 and 2: VYSOKÁ ŠKOLA CHEMICKO-TECHNOLOGIC
Page 3 and 4: SOUHRN Mason-Pfizerův opičí viru
Page 5: Obsah 1. Úvod.....................
Page 9 and 10: Obr. 1. Elektronmikroskopické sní
Page 11 and 12: kónický 6 , u M-PMV je válcový
Page 13 and 14: Životní cyklus viru (Obr. 3) lze
Page 15 and 16: frekvence mutací během replikace
Page 17 and 18: 2.3 Matrixový protein Matrixový p
Page 19 and 20: k stabilnímu udržení proteinu na
Page 21 and 22: nitř této domény jsou také zbyt
Page 23 and 24: Pro časnou fázi životního cyklu
Page 25 and 26: Některé mutace v MA jak u HIV-1 t
Page 27 and 28: Matrixový protein HIV-1 obsahuje 1
Page 29 and 30: 2.4.1 Významné mutace v HIV-1 MA
Page 31 and 32: Mutace L13E, K18I, R20G, R22A, L31E
Page 33 and 34: 3. Experimentální část 3.1 Mate
Page 35 and 36: Roztoky pro tricin - SDS PAGE Vzork
Page 37 and 38: Roztok IV 1 g AgNO 3 0,38 ml 37% HC
Page 39 and 40: laminární box - Clean air Woerden
Page 41 and 42: 3.2.3.1 Produkce izotopově obohace
Page 43 and 44: 3.2.9 Příprava vzorků pro NMR ex
Page 45 and 46: esiduální dipolární kaplingy by
Page 47 and 48: Dráha 4 Supernatant po lýzi Dráh
Page 49 and 50: A B Obr. 12 Srovnání HN-HSQC T41I
Page 51 and 52: 0,5 0,4 0,3 0,2 0,1 0 2 12 22 32 42
Page 53 and 54: 4.3.2 Výpočet struktury Základem
Page 55 and 56: A B Obr. 17 Porovnání 13 C-NOESY
Page 57 and 58:
Obr. 19 Průměrná struktura dvoji
Page 59 and 60:
Obr. 20 Ramachandranův diagram pro
Page 61 and 62:
Obr. 21 Srovnání změřených (č
Page 63 and 64:
T41I/T78I Divoký typ Obr. 23 Srovn
Page 65 and 66:
5. Diskuze 5.1 Příprava rekombina
Page 67 and 68:
turních prvků proteinu. Z minimá
Page 69 and 70:
6. Závěr • Podařilo se připra
Page 71 and 72:
7. Literatura 1. Strnad P, Haubová
Page 73 and 74:
20. Barabas,O. et al. dUTPase and n
Page 75 and 76:
40. Nagar,B. et al. Structural Basi
Page 77 and 78:
59. Freed,E.O., Englund,G., Maldare
Page 79 and 80:
79. Gasteiger,E. et al. Protein Ide
Page 81 and 82:
8. Seznam použitých symbolů a zk
Page 83 and 84:
R55F mutant matrixového proteinu,
show all

DIPLOMOVÁ PRÁCE - Vysoká škola chemicko-technologická v Praze

You also want an ePaper? Increase the reach of your titles

Delete template?

Save as template?