DIPLOMOVÁ PRÁCE - Vysoká škola chemicko-technologická v Praze

esiduální dipolární kaplingy byly poté použity jako vstup do programu NIH-XPLOR 86 .
Tento program byl použit pro konečné přiřazení strukturních omezení a výpočet finálního
souboru
struktur.
3.2.12 Interpretace a srovnání struktur
Vizualizace vypočtených struktur a jejich vzájemné porovnání bylo prováděno pomocí programu
VMD 87 a programu PyMOL 88 . Blízkost struktur byla hodnocena výpočtem faktoru
RMSD (Root Mean Square Deviation – střední kvadratická odchylka) mezi atomy páteře
proteinu. RMSD je definována jako
N
∑
i=1
2
[ x − y ]
i
N
kde N je počet srovnávaných atomů a x i a y i jsou pozice i-tého atomu ve struktuře x a y a
udává se v Ǻngströmech. Pro výpočet úhlů, které mezi sebou svírají jednotlivé helixy byl
použit program MOLMOL 89 . Pro analýzu získaných struktur byl použit program
PROCHECK 90 .
i
3.2.13 Residuální dipolární interakční konstanty
Residuální interakční konstanty (RDC z angl. residual dipolar coupling) je možné měřit
v prostředí, kde jsou molekuly částečně uspořádané vůči magnetickému poli. Jejich velikost
závisí na orientaci vazby vůči vnějšímu magnetickému poli a tím i vůči zbytku molekuly.
Uspořádání molekul proteinu bylo docíleno umístěním vzorku do polyakrylamidového gelu,
který byl poté příčně stlačen, čímž došlo k částečnému uspořádání molekul matrixového proteinu
v prostoru. RDC lze použít k zpřesnění celkové struktury, obzvláště pro upřesnění
vzájemné orientace nezávislých domén, mezi kterými často není dostatek signálů NOE, protože
poskytují informaci o úhlových orientacích vazeb. Spektra byla měřena pomocí pulsní
sekvence H-N HSQC IPAP 91 . Získané RDC byly analyzovány v programu Igor 6.0 a v tomto
programu byly i vypočteny RDC z již vypočtených struktur.
39