DIPLOMOVÁ PRÁCE - Vysoká škola chemicko-technologická v Praze

More documents

Recommendations

Info

Obr. 22 Srovnání změřených reziduálních kaplingů a vypočtených z jedné struktury. 4.4 Porovnání struktur mutantu T41I/T78I a divokého typu MA proteinu Stejně jako struktura divokého typu i struktura mutantu je tvořena čtyřmi α-helixy propojenými smyčkami. Mutace nezpůsobila významnou změnu celkové struktury (Obr. 23), avšak způsobila změnu úhlu, který svírá IV. helix s II. a v menší míře i III. helix s II Odlišný úhel také svírá I. helix se zbytkem molekuly (Tab. VI). 56
T41I/T78I Divoký typ Obr. 23 Srovnání struktury mutantu T41I/T78I (zelený) a divokého typu (azurový) matrixového proteinu M-PMV ve stejné orientaci jako na obr 18. Tab. VI Interhelikální úhly v divokém typu a T41I/T78I mutantu MA divoký typ směr. odch. T41I/T78I směr. odch. I. – II. helix 123,1 2,5 104.2 4,7 II. – III. helix 103,1 2,9 98,7 2,4 III. – IV. helix 169,0 2,2 167,0 3,4 Poměrně významné změny nastaly v místech mutací. Isoleuciny 41 a 78 jsou na rozdíl od threoninů 41 a 78 u divokého typu orientované dovnitř molekuly (Obr. 24). Postranní řetězec isoleucinu 41 směřuje do hydrofobní kapsy tvořené aminokyselinami F37, V38, F45, V59 a F63 a zvyšuje tak její hydrofobicitu. Také došlo k prodloužení II. helixu o jednu otáčku až k 44. aminokyselině (oproti divokému typu, u kterého II. helix končí 41. aminokyselinou). Isoleucin 78 je orientován směrem ke druhému helixu, konkrétně k aminokyselině F34 a jejímu okolí. Výchylka 78. aminokyseliny je větší než u 41 a I78 není součástí IV. helixu jako v případě T78 ve struktuře wt MA. 57
Page 1 and 2:
VYSOKÁ ŠKOLA CHEMICKO-TECHNOLOGIC
Page 3 and 4:
SOUHRN Mason-Pfizerův opičí viru
Page 5 and 6:
Obsah 1. Úvod.....................
Page 7 and 8:
1. Úvod HIV je dnes, vzhledem k pa
Page 9 and 10:
Obr. 1. Elektronmikroskopické sní
Page 11 and 12: kónický 6 , u M-PMV je válcový
Page 13 and 14: Životní cyklus viru (Obr. 3) lze
Page 15 and 16: frekvence mutací během replikace
Page 17 and 18: 2.3 Matrixový protein Matrixový p
Page 19 and 20: k stabilnímu udržení proteinu na
Page 21 and 22: nitř této domény jsou také zbyt
Page 23 and 24: Pro časnou fázi životního cyklu
Page 25 and 26: Některé mutace v MA jak u HIV-1 t
Page 27 and 28: Matrixový protein HIV-1 obsahuje 1
Page 29 and 30: 2.4.1 Významné mutace v HIV-1 MA
Page 31 and 32: Mutace L13E, K18I, R20G, R22A, L31E
Page 33 and 34: 3. Experimentální část 3.1 Mate
Page 35 and 36: Roztoky pro tricin - SDS PAGE Vzork
Page 37 and 38: Roztok IV 1 g AgNO 3 0,38 ml 37% HC
Page 39 and 40: laminární box - Clean air Woerden
Page 41 and 42: 3.2.3.1 Produkce izotopově obohace
Page 43 and 44: 3.2.9 Příprava vzorků pro NMR ex
Page 45 and 46: esiduální dipolární kaplingy by
Page 47 and 48: Dráha 4 Supernatant po lýzi Dráh
Page 49 and 50: A B Obr. 12 Srovnání HN-HSQC T41I
Page 51 and 52: 0,5 0,4 0,3 0,2 0,1 0 2 12 22 32 42
Page 53 and 54: 4.3.2 Výpočet struktury Základem
Page 55 and 56: A B Obr. 17 Porovnání 13 C-NOESY
Page 57 and 58: Obr. 19 Průměrná struktura dvoji
Page 59 and 60: Obr. 20 Ramachandranův diagram pro
Page 61: Obr. 21 Srovnání změřených (č
Page 65 and 66: 5. Diskuze 5.1 Příprava rekombina
Page 67 and 68: turních prvků proteinu. Z minimá
Page 69 and 70: 6. Závěr • Podařilo se připra
Page 71 and 72: 7. Literatura 1. Strnad P, Haubová
Page 73 and 74: 20. Barabas,O. et al. dUTPase and n
Page 75 and 76: 40. Nagar,B. et al. Structural Basi
Page 77 and 78: 59. Freed,E.O., Englund,G., Maldare
Page 79 and 80: 79. Gasteiger,E. et al. Protein Ide
Page 81 and 82: 8. Seznam použitých symbolů a zk
Page 83 and 84: R55F mutant matrixového proteinu,
show all

DIPLOMOVÁ PRÁCE - Vysoká škola chemicko-technologická v Praze

Create successful ePaper yourself

Delete template?

Save as template?