DIPLOMOVÁ PRÁCE - Vysoká škola chemicko-technologická v Praze

turních prvků proteinu. Z minimálních odchylek mezi změřenými a teoreticky vypočtenými
RDC vyplývá, že vypočtená struktura velmi dobře odpovídá skutečnosti.
5.3 Odhad pozice zbytku kyseliny myristové
Zatím se nám dosud nepodařilo připravit vzorek myristoylovaného matrixového proteinu,
který by byl vhodný pro měření NMR. Z publikovaných údajů o struktuře myristoylovaného
MA HIV-1 však vyplývá, že prakticky nedochází ke změně struktury MA oproti nemyristoylovanému
proteinu 48 , a tak je možné se pokusit o návrh pozice zbytku kyseliny myristové
v MA proteinech M-PMV. V programu Pymol 88 byl k N-konci struktury mutantu T41I/T78I
MA připojen zbytek kyseliny myristové a změnou dihedrálních úhlů ve volné smyčce na N-
konci byl orientován tak, aby jeho pozice zhruba odpovídala pozici zbytku kyseliny myristové
v myristoylovaném MA HIV-1 a zároveň aby nekolidoval s postranními řetězci aminokyselin
v jádře proteinu. Ve struktuře nemyristoylovaného proteinu je patrná mezera mezi
helixem IIa IV, do které by mohl být orientován zbytek kyseliny myristové. Okolí této mezery
je tvořeno hydrofobními aminokyselinami a končí u isoleucinu 78 (Obr. 28). Za předpokladu,
že M-PMV MA myristoylací významně nezmění celkovou strukturu proteinu stejně
jako u HIV MA, je toto jediná orientace myristoylu, kdy je možné jej zanořit do jádra proteinu.
Toto řešení podporuje pracovní hypotézu o zvýšené hydrofobicitě jádra proteinu a
znemožnění uvolnění zbytku kyseliny myristové pro interakci s plasmatickou membránou 51 .
Isoleucin 78 je blízko konce zbytku kyseliny myristové. U divokého typu se v této oblasti
nacházejí spíše hydrofilní aminokyseliny, zatímco v mutantu je zde vysoce hydrofobní isoleucin,
který může zesilovat hydrofobní interakci kyseliny myristové s jádrem proteinu. Isoleucin
41 je na opačném konci molekuly než je předpokládaná pozice zbytku kyseliny myristové
(Obr. 26 A), což je v souladu s tím, že mutace T41I sama o sobě nezabrání viru
v pučení. Skutečnost, že mutace T41I/T78I má silnější efekt než jen mutace T78I, je pravděpodobně
způsobena tím, že isoleucin 41 stabilizuje celkovou strukturu proteinu a tím udržuje
hydrofobní oblast, do které je myristoyl zakotven, pohromadě.
61