DIPLOMOVÁ PRÁCE - Vysoká škola chemicko-technologická v Praze

a Trp bylo změřeno 13 C-NOESY spektrum. Typické nastavení pro sběr dat pro experimenty s
trojitou resonancí bylo: 1 H spektrální šířka 7000 Hz, velikost dat 1024 komplexních bodů;
15 N spektrální šířka 1500 Hz, velikost dat 92 komplexních bodů; 13 C (oblast CB + CA) spektrální
šířka 8100 Hz, velikost dat 64 komplexních bodů. V doménách 13 C a 15 N byla pro
zvětšení velikosti dat použita lineární predikce.
3.2.11 Výpočet struktury
Na základě znalosti chemických posunů atomů páteře proteinu lze předpovědět oblasti
s pravidelnou sekundární strukturou. Polohu α-helixů a β-skládaných listů je možné odhadnout
z chemických posunů atomů Hα, Cα, Cβ a C‘ a pomocí tzv. indexu chemických posunů
(Chemical shift index CSI). Výpočet CSI je založen na porovnání chemického posunu těchto
atomů v proteinu s tabelovanými chemickými posuny pro strukturu náhodného klubka. Pokud
má aminokyselina v proteinu vyšší chemický posun, než horní mez v referenčním intervalu
pak pravděpodobně leži v β-skládaném listu. Pokud má naopak chemický posun nižší,
pak pravděpodobně leží v α-helixu. Výpočet byl proveden pomocí programu CSI 83 . Na základě
znalosti přibližné pozice α-helixů byly pro výpočet struktury v těchto oblastech aplikovány
omezení vodíkovými vazbami pro snazší konvergenci výpočtu.
Na podobném principu je založen odhad omezení páteřních dihedrálních úhlů. Chemické
posuny atomů 1 Hα, 13 Cα, 13 Cβ a 13 C‘jsou porovnány s databází chemických posunů atomů
páteře proteinů se známou strukturou a z tohoto porovnání jsou vypočteny rozmezí povolených
dihedrálních úhlů φ a ψ. Pro tento odhad byl použit program TALOS 84 .
Základem pro výpočet struktury byla omezení meziprotonových vzdáleností vycházející
z NOESY spekter. NOE interakce vznikají mezi dvojicemi vodíkových atomů vzdálených od
sebe méně než 5,5 Ǻ, bez ohledu na jejich vzdálenost v primární struktuře. Intenzita signálu
NOE je úměrná inverzní šesté mocnině vzdálenosti mezi interagujícími atomy.
Z jednotlivých NOE interakcí se vytvoří síť strukturních omezení, ze kterých je možno vypočítat
strukturu proteinu. Pro přiřazení jednotlivých „kross-píků“ v NOESY spektru, kalibraci
strukturních omezení a výpočet předběžné struktury byl použit softwarový balík Aria
(verze 2.0 alpha) 85 . Vzdálenostní omezení, omezení dihedrálních úhlů, vodíkové vazby a
38