typu prodloužený o jednu otáčku. Ve smyčce mezi helixem III a IV je jedna helikální otáčka, která nebyla zjištěna ve struktuře divokého typu. • Orientace postranních řetězců isoleucinů 41 a 78 podporuje hypotézu, že změna fenotypu mutantu je způsobena zvýšenou hydrofobicitou jádra proteinu. Odhad možné pozice zbytku kyseliny myristové bylo potvrzeno, že s myristoylem by mohl přímo interagovat pouze isoleucin 78. Isoleucin 41 je od místa, kde se pravděpodobně myristoyl nachází poměrně vzdálen, což souhlasí s předchozím pozorováním, že mutant T41I sám o sobě změnu fenotypu nezpůsobuje. 64
7. Literatura 1. Strnad P, Haubová Š. & Ruml,T. Genom retrovirů a fyziologická funkce jeho produktů Chem. Listy 97, (2003). 2. Fauquet,C.M., Mayo,M.A., Maniloff,J., Desselberger,U. & Ball,L.A. Virus Taxonomy, VIIIth Report of the ICTV. 1258. 2004. Elsevier/Academic Press. 3. Vogt,V.M. Proteolytic processing and particle maturation. Curr. Top. Microbiol. Immunol. 214, 95-131 (1996). 4. Conte,M.R., Klikova,M., Hunter,E., Ruml,T. & Matthews,S. The three-dimensional solution structure of the matrix protein from the type D retrovirus, the Mason-Pfizer monkey virus, and implications for the morphology of retroviral assembly. EMBO J. 16, 5819-5826 (1997). 5. Song,C., Dubay,S.R. & Hunter,E. A tyrosine motif in the cytoplasmic domain of mason-pfizer monkey virus is essential for the incorporation of glycoprotein into virions. J. Virol. 77, 5192-5200 (2003). 6. Briggs,J.A., Wilk,T., Welker,R., Krausslich,H.G. & Fuller,S.D. Structural organization of authentic, mature HIV-1 virions and cores. EMBO J. 22, 1707-1715 (2003). 7. Coffin,J., Hughes,S. & Varmus,H. Retroviruses. 1997. Cold Spring Harbor Laboratory Press. 8. Ott,D.E. Potential roles of cellular proteins in HIV-1. Rev. Med. Virol. 12, 359-374 (2002). 9. Summers,M.F. et al. Nucleocapsid zinc fingers detected in retroviruses: EXAFS studies of intact viruses and the solution-state structure of the nucleocapsid protein from HIV-1. Protein Sci. 1, 563-574 (1992). 65
- Page 1 and 2:
VYSOKÁ ŠKOLA CHEMICKO-TECHNOLOGIC
- Page 3 and 4:
SOUHRN Mason-Pfizerův opičí viru
- Page 5 and 6:
Obsah 1. Úvod.....................
- Page 7 and 8:
1. Úvod HIV je dnes, vzhledem k pa
- Page 9 and 10:
Obr. 1. Elektronmikroskopické sní
- Page 11 and 12:
kónický 6 , u M-PMV je válcový
- Page 13 and 14:
Životní cyklus viru (Obr. 3) lze
- Page 15 and 16:
frekvence mutací během replikace
- Page 17 and 18:
2.3 Matrixový protein Matrixový p
- Page 19 and 20: k stabilnímu udržení proteinu na
- Page 21 and 22: nitř této domény jsou také zbyt
- Page 23 and 24: Pro časnou fázi životního cyklu
- Page 25 and 26: Některé mutace v MA jak u HIV-1 t
- Page 27 and 28: Matrixový protein HIV-1 obsahuje 1
- Page 29 and 30: 2.4.1 Významné mutace v HIV-1 MA
- Page 31 and 32: Mutace L13E, K18I, R20G, R22A, L31E
- Page 33 and 34: 3. Experimentální část 3.1 Mate
- Page 35 and 36: Roztoky pro tricin - SDS PAGE Vzork
- Page 37 and 38: Roztok IV 1 g AgNO 3 0,38 ml 37% HC
- Page 39 and 40: laminární box - Clean air Woerden
- Page 41 and 42: 3.2.3.1 Produkce izotopově obohace
- Page 43 and 44: 3.2.9 Příprava vzorků pro NMR ex
- Page 45 and 46: esiduální dipolární kaplingy by
- Page 47 and 48: Dráha 4 Supernatant po lýzi Dráh
- Page 49 and 50: A B Obr. 12 Srovnání HN-HSQC T41I
- Page 51 and 52: 0,5 0,4 0,3 0,2 0,1 0 2 12 22 32 42
- Page 53 and 54: 4.3.2 Výpočet struktury Základem
- Page 55 and 56: A B Obr. 17 Porovnání 13 C-NOESY
- Page 57 and 58: Obr. 19 Průměrná struktura dvoji
- Page 59 and 60: Obr. 20 Ramachandranův diagram pro
- Page 61 and 62: Obr. 21 Srovnání změřených (č
- Page 63 and 64: T41I/T78I Divoký typ Obr. 23 Srovn
- Page 65 and 66: 5. Diskuze 5.1 Příprava rekombina
- Page 67 and 68: turních prvků proteinu. Z minimá
- Page 69: 6. Závěr • Podařilo se připra
- Page 73 and 74: 20. Barabas,O. et al. dUTPase and n
- Page 75 and 76: 40. Nagar,B. et al. Structural Basi
- Page 77 and 78: 59. Freed,E.O., Englund,G., Maldare
- Page 79 and 80: 79. Gasteiger,E. et al. Protein Ide
- Page 81 and 82: 8. Seznam použitých symbolů a zk
- Page 83 and 84: R55F mutant matrixového proteinu,