Inimese DNA koopiaarvu variatsioonid: nende tekkemehhanismid ja ...
Inimese DNA koopiaarvu variatsioonid: nende tekkemehhanismid ja ...
Inimese DNA koopiaarvu variatsioonid: nende tekkemehhanismid ja ...
Create successful ePaper yourself
Turn your PDF publications into a flip-book with our unique Google optimized e-Paper software.
Kokku on kirjeldatud vähemalt üheksa mikrodeletsiooni sündroomi, mille deletsiooni<br />
regiooni on leitud inversiooni variantidena üldpopulatsioonis (Tabel 2).<br />
Tabel 2. Inversioonidega seotud ümberkorraldused. (Feuk, 2010)<br />
Kromosoomipiirkond Inversiooni suurus (Mb) Häire/ümberkorraldus<br />
3q29 1,9 3q29 deletsiooni sündroom<br />
5q35.2-q35.3 1,9 Sotos mikrodeletsiooni sündroom<br />
7q11.23 1,5 Williams-Beuren mikrodeletsiooni sündroom<br />
8p23 4,7 Inv dup(8p) <strong>ja</strong> del (8)(p23.1;p23.2)<br />
15q11-q13 4 Angelman deletsiooni sündroom<br />
15q13.3 2 15q13.3 mikrodeletsioon<br />
15q24 1,2 15q24 mikrodeletsioon<br />
17q12 1,5 Neerutsüsti <strong>ja</strong> diabeedi (RCAD) mikrodeletsiooni<br />
sündroom<br />
17q21.31 0,9 17q21.31 mikrodeletsiooni sündroom<br />
4. Koopiaarvu muutuste uurimismeetodid<br />
Esimesi <strong>koopiaarvu</strong> muutusi hakati uurima juba kümneid aastaid tagasi, kasutades selleks<br />
standartseid molekulaargeneetika analüüsimeetodeid, nagu näiteks erinevad vöödistusmeetodid,<br />
Southern blot, FISH, kvantitatiivne <strong>ja</strong> murdepunkti PCR. Varasemal a<strong>ja</strong>l kasutati<br />
neid peamiselt lokaalsete, suuremalt osalt genoomsete haigustega seotud, ümberkorralduste<br />
uurimiseks konkreetsetes genoomi regioonides. Tänapäeval on arendatud palju uusi<br />
kiibipõhiseid <strong>ja</strong> PCR-põhiseid meetodeid, mille abil saab läbi viia kogugenoomseid uuringuid<br />
<strong>ja</strong> mis võimaldavad paralleelselt uurida erinevaid regioone. Nendeks enimkasutatud<br />
meetoditeks on array-CGH, SNP-de genotüpiseerimine, MAPH, MLPA <strong>ja</strong> MLGA.<br />
4.1. Mikrokiibipõhised uurimismeetodid<br />
4.1.1. Kiibipõhine võrdlev genoomne hübridisatsioon<br />
Kiibipõhine võrdlev genoomne hübiridisatsioon (array comparative genomic hybridisation;<br />
arrayCGH) arenes klassikalisest võrdlevast genoomsest hübridisatsioonist (comparative<br />
genomic hybridization; CGH), mis põhineb erinevate fluorokroomidega märgitud uuritava <strong>ja</strong><br />
referents <strong>DNA</strong> hübridiseerimisel normaalsetele metafaasis olevatele kromosoomidele. CGH<br />
meetodi suurimaks puuduseks oli tema väga madal lahutusvõime, mis jäi 5-10Mb vahele <strong>ja</strong><br />
pidev va<strong>ja</strong>dus metafaasi kromosoomi preparaatide järgi. Seetõttu arendati väl<strong>ja</strong> kiibipõhine<br />
22
Change language