Inimese DNA koopiaarvu variatsioonid: nende tekkemehhanismid ja ...
Inimese DNA koopiaarvu variatsioonid: nende tekkemehhanismid ja ...
Inimese DNA koopiaarvu variatsioonid: nende tekkemehhanismid ja ...
You also want an ePaper? Increase the reach of your titles
YUMPU automatically turns print PDFs into web optimized ePapers that Google loves.
MLGA meetod hõlmab endas mitu ensümaatilist protsesse (joonis 12). Esimeses etapis<br />
lõigatakse proovi-<strong>DNA</strong>d restriktaasidega, et tekkiksid kindlate otstega genoomsed<br />
fragmendid. Järgmisena <strong>DNA</strong> denatureeritakse, hübridiseeritakse vastavatele target<br />
fragmentidele <strong>ja</strong> tsirkulariseeritakse liigaside abil. Selleks, et vähendada signaal-müra suhet,<br />
<strong>DNA</strong>d töödeldakse eksonukleaasidega (ExoI). Lõpuks amplifitseeritakse need<br />
tsirkulariseeritud fragmendid PCR-ga, kasutades universaalseid praimereid, <strong>ja</strong> lahutatakse<br />
elektroforeesil.<br />
Joonis 12. MLGA meetodi põhimõte (Isaksson et al., 2007).<br />
Uuritav <strong>DNA</strong> lõigatakse restriktaasidega fragmentideks, mis peale denaturatsiooni <strong>ja</strong><br />
hübridisatsiooni moodustavad tsirkulariseeritud target <strong>DNA</strong>d koos MLGA proovidega.<br />
Ülejäänud lineaarne <strong>DNA</strong> kõrvaldatakse eksonukleaasidega. Tsirkulariseetitud fragmentid<br />
amplifitseeritakse PCR-i abil <strong>ja</strong> analüüsitakse.<br />
Koopiaarvu <strong>variatsioonid</strong>e uurimismeetodeid on palju, aga tänapäeval on kõige sagedamini<br />
kasutatavaks platvormiks CNV-de leidmisel mikrokiibil põhinev võrdlev genoomne<br />
hübridisatsioon (arrayCGH) <strong>ja</strong> SNP-de genotüpiseerimisel põhinevad mikrokiibid.<br />
Kiibipõhised meetodid võimaldavad läbi viia kogu-genoomseid skriininguid <strong>variatsioonid</strong>e<br />
detekteerimiseks. Ometi ei ole <strong>nende</strong> meetodide kasutamisel võimalik analüüsida <strong>koopiaarvu</strong><br />
neutraalseid muutusi, nagu näiteks balansseerituid ümberkorraldusi. PCR-põhiseid meetodeid,<br />
kaasa arvatud reaala<strong>ja</strong> kvantitatiivne PCR, kasutatakse põhiliselt <strong>koopiaarvu</strong> muutuste<br />
esinemise kinnitamiseks <strong>ja</strong> samuti struktuursete <strong>variatsioonid</strong>e kandidaatregioone uurimiseks,<br />
et täiendada üle-genoomsetest skriiningutest saadud tulemusi. Samas tuleb märkida, et ka<br />
MLPA on selliste uuringute <strong>ja</strong>oks laialt levinud.<br />
28
Change language