Inimese DNA koopiaarvu variatsioonid: nende tekkemehhanismid ja ...
Inimese DNA koopiaarvu variatsioonid: nende tekkemehhanismid ja ...
Inimese DNA koopiaarvu variatsioonid: nende tekkemehhanismid ja ...
You also want an ePaper? Increase the reach of your titles
YUMPU automatically turns print PDFs into web optimized ePapers that Google loves.
meetod, mille lahutusvõime on praeguseks a<strong>ja</strong>ks jõudnud 20-100kb (Carter, 2007).<br />
ArrayCGH meetodi kasutamist soodustas <strong>Inimese</strong> Genoomi Projekti andmebaasi loomine,<br />
mille käigus moodustati suured inimese <strong>DNA</strong> inserte sisaldavate kloonide (BAC kloonide)<br />
raamatukogud <strong>ja</strong> järjestati need kloonid sekveneerimiseks. Metafaasi kromosoomid asendati<br />
mikrokiipidega, millele kinnitati pikad <strong>DNA</strong> järjestused kloonide raamatukogust (Solinas-<br />
Toldo et al., 1997). Nagu ka tavalise CGH puhul märgitakse testitav <strong>ja</strong> normaalne <strong>DNA</strong><br />
erinevate fluorokroomidega Cyanine 3 (Cy3) <strong>ja</strong> Cyanine 5 (Cy5). (joonis 8) Selleks, et<br />
blokeerida uuritava <strong>DNA</strong> kordusjärjestuste seondumist proovidele lisatakse Cot-1 <strong>DNA</strong>d.<br />
Kiipe skaneeritakse fluorokroome ergastava laservalgusega ning tekkivate<br />
fluorestsentssignaalide tugevuse järgi saadakse teada hübridiseerinud test- <strong>ja</strong> referents-<strong>DNA</strong><br />
hulgad. Kui fluorokroomide suhe on võrdne, siis on nii test- kui ka kontroll <strong>DNA</strong>’l sama<br />
koopiaarv; kui Cy3:Cy5 suhe on muutunud, viitab see sellele, et meid huvitavas regioonis on<br />
toimunud kas <strong>DNA</strong> kadu või juurde lisandumine. ArrayCGH lahutusvõime määrab see,<br />
kuidas mikrokiibile kinnitatud proovijärjestused katavad antud genoomset regiooni või<br />
kogugenoomi kiipide puhul kogu genoomi.<br />
ArrayCGH lubab kasutada kõrget lahutusvõimet <strong>ja</strong> see on võimas meetod <strong>koopiaarvu</strong><br />
määramiseks ning muutuste kaardistamiseks otseselt inimese genoomi järjestusele. Samuti on<br />
see tehnoloogia kiirendanud kasva<strong>ja</strong>te <strong>koopiaarvu</strong> muutuste uurimist, näitades lootustandvaid<br />
tulemusi CNV detekteerimiseks normaalsete <strong>ja</strong> kasva<strong>ja</strong> rakkude vahel, olles seega väga<br />
tähtsaks meetodiks kasva<strong>ja</strong>te uuringutes <strong>ja</strong> diagnostikas (Wain et al., 2009).<br />
Käesoleval a<strong>ja</strong>l on arrayCGH tasapisi muutumas uueks peamiseks standardseks meetodiks<br />
kliinilises tsütogeneetikas. Paljud kliiniliselt kasutatavad arrayCGH platvormid on disainitud<br />
nii, et <strong>nende</strong> abil on võimalik võimalik detekteerida aneuploidsust, hästi kirjeldatud<br />
mikrodeletsiooni/mikroduplikatsiooni sündroome <strong>ja</strong> subtelomeerseid või muid<br />
kromosoomalseid ümberkorraldusi. Peamine puudus sellel meetodil on see, et arrayCGH ei<br />
võimalda detekteerida translokatsioone, inversioone <strong>ja</strong> polüploidsust (Shinawi and Cheung,<br />
2008).<br />
23
Change language