Inimese DNA koopiaarvu variatsioonid: nende tekkemehhanismid ja ...
Inimese DNA koopiaarvu variatsioonid: nende tekkemehhanismid ja ...
Inimese DNA koopiaarvu variatsioonid: nende tekkemehhanismid ja ...
Create successful ePaper yourself
Turn your PDF publications into a flip-book with our unique Google optimized e-Paper software.
valikule <strong>ja</strong> geneetilise triivile. Kuna inimese genoomi puhul on täheldatud, et CNV-d asuvad<br />
pigem väl<strong>ja</strong>spool funktsionaalseid järjestusi (kodeerivad järjestused) ning paiknevad pigem<br />
ultrakonserveerunud elementidega alades, siis annab see alust arvata, et vähemalt inimeste<br />
puhul rakendub CNV-dele puhastav valik. Samuti on mitmete CNV-de puhul võimalik<br />
kindlaks teha, kas nad on olnud evolutsioonis eelistatud, vastavalt sellele, kas nad omavad<br />
adaptiivseid eeliseid nii inimese kui ka teiste liikide näitel. CNV-de uurimine võimaldab<br />
avastada uusi funktsionaalseid geene ning pal<strong>ja</strong>stada neid muutusi genoomis, mis on<br />
mõjutanud inimese evolutsiooni (Zhang et al., 2009).<br />
Tänapäeval on <strong>koopiaarvu</strong> muutuste kirjeldamise <strong>ja</strong>oks tehtud mitmeid andmebaase. Kaks<br />
kõige olulisemat andmebaasi, mida CNV-de interpreteerimisel kasutatakse, on polümorfseid<br />
CNV-sid sisaldav Database of Genomic Variants 2 ehk nn Toronto andmebaas <strong>ja</strong><br />
haigusseoselisi CNV-sid koguv DECIPHER 3 (Database of Chromosomal Imbalances and<br />
Phenotype in Humans using Ensembl Resources).<br />
2. Koopiaarvu <strong>variatsioonid</strong>e <strong>tekkemehhanismid</strong><br />
Kromosomaalseid ümberkorraldusi on palju uuritud erinevatel mudelorganismidel, nagu<br />
pagaripärm Saccharomyces cerevisiae, soolekepike Escherichia coli <strong>ja</strong> äädikakärbes<br />
Drosophila melanogaster. Mudelorganismide kasutamine aitas suurel määral aru saada<br />
protsessidest, mis osalevad <strong>DNA</strong> replikatsioonil <strong>ja</strong> <strong>DNA</strong> reparatsioonil. Neid mehhanisme<br />
peetakse liikumapanevateks jõududeks <strong>DNA</strong> <strong>koopiaarvu</strong> <strong>variatsioonid</strong>e tekkel.<br />
<strong>Inimese</strong>l on tänapäeval kirjeldatud kolm peamist viisi <strong>koopiaarvu</strong> <strong>variatsioonid</strong>e tekkeks:<br />
mittealleelne homoloogiline rekombinatsioon (Non-Allelic Homologous Recombination;<br />
NAHR), mittehomoloogne <strong>DNA</strong> otste liitmine (Non-Homolgous End Joining; NHEJ) ning<br />
replikatsiooni kahvli peatumise <strong>ja</strong> matriitsi ümberlülitamise mehhanism/mikrohomoloogia<br />
vahendatud katkestusest indutseeritud replikatsioon (Fork Stalling and Template Switching/<br />
Microhomology Mediated Break-Induced Replication; FoSTeS/MMBIR).<br />
2.1. Mitte-alleelne homoloogiline rekombinatsioon<br />
Homoloogiline rekombinatsioon (HR) üldiselt on geneetilise mater<strong>ja</strong>li rekombinatsioon, mille<br />
käigus toimub nukleotiidsete järjestusi vahetus kahe identseid lõike sisaldavate <strong>DNA</strong> ahelate<br />
vahel. Protsessi käigus toimub <strong>DNA</strong> füüsiline katkemine <strong>ja</strong> sellele järgnev taasühinemine,<br />
mille tulemuseks on ahelate ümbervahetus. HR on aluseks paljudele <strong>DNA</strong> reparatsiooni<br />
mehhanismidele <strong>ja</strong> samuti vastutab kromosoomide segregatsiooni ning uute järjestuste<br />
kombinatsioonide tootmise eest meioosi käigus (Watson et al., 2003).<br />
7
Change language