Inimese DNA koopiaarvu variatsioonid: nende tekkemehhanismid ja ...
Inimese DNA koopiaarvu variatsioonid: nende tekkemehhanismid ja ...
Inimese DNA koopiaarvu variatsioonid: nende tekkemehhanismid ja ...
Create successful ePaper yourself
Turn your PDF publications into a flip-book with our unique Google optimized e-Paper software.
4.2.2. Multipleks ligeeritavate proovide amplifikatsioon<br />
Multipleks ligeeritavate proovide amplifitseerimine (MLPA) on küllaltki tundlik meetod <strong>ja</strong><br />
seda on lihtsam kasutada kui MAPH, kuna ei ole va<strong>ja</strong> <strong>DNA</strong> filtrile immobiliseerimist <strong>ja</strong><br />
filtrite pesemist (Schouten et al., 2002). Iga sihtmärgi <strong>ja</strong>oks disainitakse kaks proovi <strong>ja</strong><br />
hübridiseeritakse target järjestusele. Iga proov koosneb kahest oligonukleotiidist, mis<br />
sisaldavad universaalseid praimerjärjestusi, kusjuures üks oligonukleotiid sisaldab ka<br />
mittehübridiseeritavat „stuffer“ järjestust, mille pikkus on varieeruv <strong>ja</strong> tänu millele toimub<br />
proovide lahutamine elektroforeesil (joonis 11). Peale hübridiseerimist, ligeeritakse kaks<br />
proovi kokku, kusjuures ligeeritud proovide arv on proportsionaalne target järjestuste arvule<br />
uuritavas <strong>DNA</strong>s. Seejärel amplifitseeritakse ligeeritud proove PCR-ga. Deletsiooni <strong>ja</strong><br />
duplikatsiooni analüüs MLPA meetodil on sarnane MAPH omaga. Nii MAPH kui ka MLPA<br />
on tundlikumad väikeste <strong>koopiaarvu</strong> muutuste suhtes kui arrayCGH.<br />
Joonis 11. MLPA tehnoloogia 6<br />
4.2.3. Multipleks ligeeritav genoomne amplifikatsioon<br />
Aastal 2007 töötasid Magnus Isaksson <strong>ja</strong> tema kolleegid väl<strong>ja</strong> uue meetodi, mille nimi on<br />
multipleks ligeeritav genoomne amplifikatsioon (MLGA) (Isaksson et al., 2007). MLGA<br />
meetodil on mitu eelist võrreldes MAPH <strong>ja</strong> MLPA-ga. Esiteks, MLGA proovidega on palju<br />
lihtsam <strong>ja</strong> odavam töötada, kuna on va<strong>ja</strong>lik ainult üks proov lookuse kohta. Iga proov sisaldab<br />
kaks oligonukleotiidi: target järjestuse spetsiifilise proovi <strong>ja</strong>oks (70-74 nt) <strong>ja</strong> universaalse<br />
vektori proovi <strong>ja</strong>oks (34 nt). Pesemine ei ole nõutav, kuna proovid ei va<strong>ja</strong> <strong>ja</strong> ei sisalda<br />
funktsionaalseid otsi, nagu see oli MPLA-l, <strong>ja</strong> samuti ei toimu 5’ otste modifitseerimist.<br />
Teiseks, uni-molekulaarne tsirkulisatsiooni reaktsioon on loomupäraselt kiirem <strong>ja</strong><br />
efektiivsem, kui bi-molekulaarne ligeerimise reaktsioon.<br />
27
Change language