Inimese DNA koopiaarvu variatsioonid: nende tekkemehhanismid ja ...

mõnede indiviidide puhul sõltub tulemus rohkem restriktsioonifragmentide suurusest, kui
koopiaarvu muutustest. CNV määramiseks võrreldakse paarduvate ja osaliselt
mittepaarduvate proovide signaalide intensiivsust teiste indiviidi (või indiviidide rühma)
näitajatega. Vale signaalide vähendamist võib saavutada ka arvestadesa ka proovide
pikkusega ja GC% sisaldusega (Carter, 2007).
Uus Affymetrix Genome-Wide Human SNP Array 6.0 sisaldab 1,8 miljonit geneetilist
markerit, kaasa arvatud rohkem kui 906,600 SNPd ning 946,000 proovi CNV-de
detekteerimiseks 4 .
Illumina BeadArray ® tehnoloogia põhineb 3-mikromeetriliste kuulikeste kogumisel ränikiibi
mikrokaevudes, mis on asetatud kas optilise kiu kimpude tippudesse või klaaskandjale.
Juhuslikult järjestatunud kuulikeste vahel on ~5,7 mikromeetrit. Iga kuul on kaetud suure
hulgaga spetsiifiliste oligonukleotiitidega, mida kasutatakse proovidena SNP-de
genotüpiseerimisel 4 (joonis 9). SNP alleelide määramisel kasutatakse alleelispetsiifilist
märklaudjärjestuste praimerekstensiooni, mis koos lookusspetsiifilise hübridisatsiooniga
annab hea signaali-müra suhte. Lisaks on BeadArray ® kiipide eeliseks kogu uuritava DNA
kasutamine analüüsiprotsessis, samas kui Affymetrixi tehnoloogia puhul selekteeritakse
kiipidele hübridiseerimiseks kuni 200-aluspaarilised DNA fragmendid.
Uuem Illumina HumanOmni1-Quad BeadChip sisaldab hoolikalt valitud SNP-de kogumit ja
proove CNV analüüsimiseks. See on esimene BeadChip, mis lähiajal annab võimalusel
kasutada kuni 5 miljonit markerit proovi kohta 5 .
Joonis 9. Illumina mikrokiibi konstrueerimine 5 .
25