Waleo 3 : Déclarations d'intention (PDF) - Recherche et Technologie

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Waleo 3 Déclarations d’intention Acronyme : Transfid Titre : Développement d’une méthode d’identification par spectrométrie de masse des facteurs de transcription capturés par un oligonucléotide Durée : 36 mois Promoteur : Patricia Renard, Facultés Universitaires Notre Dame de la Paix Coord. scient. : Patricia Renard (081/724128) Partenaire n˚1 : Carine Van Lint, Laboratoire de Virologie Moléculaire, Chimie Biologique, IBMM, ULB Partenaire n˚2 : Jean-Jacques Letesson Unité de Recherche en Biologie Moléculaire (URBM) Facultés Universitaires Notre-Dame de la Paix, Namur Parrain n˚1 : Active Motif (Rixensart), John Heyman et Claire Calomme Résumé Introduction La capacité d’une cellule à réorganiser l’expression de son génome en réponse aux variations de son environnement constitue la clé de la réponse cellulaire adaptative. Le contrôle de l’expression des gènes repose sur la liaison de facteurs de transcription à des séquences consensus localisées au niveau de leurs promoteurs. Malgré un nombre sans cesse croissant d’études portant sur la régulation transcriptionnnelle des gènes, il n’existe pas à ce jour de technique robuste permettant l’identification de l’ensemble des protéines interagissant avec un promoteur donné. La méthodologie actuellement suivie pour identifier les protéines se liant à une séquence promotrice est une analyse bio-informatique des sites de liaison potentiels pour des facteurs de transcription. Cette approche conduit typiquement à l’identification de centaines de sites de liaison potentiels dans une séquence promotrice. Une validation expérimentale ne pouvant pas être réalisée pour tous ces sites putatifs, le chercheur en est actuellement réduit à choisir de manière arbitraire les sites potentiels auxquels il va s’intéresser. Objectifs Vu le temps requis pour tester expérimentalement l’implication d’un facteur de transcription dans la régulation d’une région promotrice, le choix initial du site de liaison potentiel étudié est crucial. C’est pourquoi nous développons actuellement une méthode permettant de déterminer sans a priori l’identité des protéines qui se lient directement à une séquence oligonucléotidique donnée. Notre objectif est de proposer un service auquel l’utilisateur pourrait envoyer ses séquences d’intérêt et les extraits cellulaires à partir desquels il veut que l’analyse soit faite. En retour, il recevrait la liste des protéines identifiées comme interagissant avec sa séquence, ce qui lui permettra d’orienter ses recherches de manière beaucoup plus rationnelle. Les étapes du développement Pour développer cette méthode, nous mettons à profit l’expérience acquise à l’URBC lors de la mise au point des dosages transAM (Renard et al, (2001) Nucleic Acids Res.) pour capturer les facteurs de transcription. Toutefois, l’identification des protéines liant la région d’intérêt n’est pas basée sur l’utilisation d’anticorps mais sur une approche reposant sur la spectrométrie de masse. La séquence d’ADN choisie pour mettre au point cette méthode est le promoteur du virus de l’immunodéficience humaine de type 1 (VIH-1), aussi appelé Long Terminal Repeat (LTR). Des résultats préliminaires ont déjà été obtenus, grâce à une collaboration active avec l’équipe de l’ULB, indiquant que cette méthode permet de détecter par spectrométrie de masse au moins un facteur de transcription spécifique de cette séquence. Dans un premier temps, nous approfondirons l’étude du LTR du VIH-1. Ceci permettra, d’une part, de valider la technique, et d’autre part, d’identifier éventuellement des protéines jusqu’alors non décrites pour interagir avec cette séquence. L’équipe de C. Van Lint (ULB), qui possède une longue expérience dans l’étude de la régulation transcriptionnelle du virus VIH-1, dispose des outils moléculaires nécessaires pour tester l’implication de nouvelles protéines candidates éventuellement identifiées par cette méthode. Dans un deuxième temps, la méthode sera appliquée à une région intragénique du VIH-1 se comportant comme un enhancer répondant notamment à des cytokines pro-inflammatoires (TNF-& # 945 ;). Bien que l’équipe de l’ULB ait déjà identifié quelques facteurs de transcription eucaryotes se liant à cette séquence (Goffin et al, Nucleic Acids Res. 2005), de nombreux autres restent encore à découvrir, dont ceux qui médient la réponse au TNF-& # 945 ;. Une approche sans a priori telle que celle que nous proposons permettrait de faire avancer les connaissances concernant la régulation transcriptionnelle de cette région intragénique et par conséquence la pathogenèse du SIDA. Dans un troisième temps, nous adapterons cette méthode à l’identification de facteurs de transcription d’organismes procaryotes (. . . ) TRANSFID (143) Page 62/66
Waleo 3 Déclarations d’intention Acronyme : VACCINAGE Titre : Restauration des réponses vaccinales et immunitaires de la personne âgée Durée : 48 mois Promoteur : Vincent Geenen, Université de Liège Coord. scient. : Henri Martens (+32 4 366 25 36) Partenaire n˚1 : Vincent Geenen, Centre d’Immunologie de Liège (CIL), Université de Liège Partenaire n˚2 : Olivier Toussaint, Unité de Recherche en Biologie Cellulaire (URBC), Université de Namur Partenaire n˚3 : Christian Swine, Médecine gériatrique (MD/MINT/MONT), Université Catholique de Louvain (UCL) Parrain n˚1 : Glaxxo SmithKline, Benoit Barras Parrain n˚2 : WoW, Joel Demarteau Parrain n˚3 : Straticell s.a., Michel Salmon Résumé Restauration des réponses vaccinales et immunitaires de la personne âgée Etat des connaissances Le vieillissement de notre population est un des défis majeurs du XXIème siècle. Les questions de Santé Publique nouvelles que soulève l’accroissement du pourcentage de seniors exigent un effort particulier de recherche afin de pallier leurs problèmes de santé spécifiques. Le processus du vieillissement de l’organisme s’accompagne d’une diminution des défenses immunitaires, selon un processus généralement nommé immunosénescence, qui est un élément essentiel de la fragilité des personnes âgées. Une conséquence majeure de l’immunosénescence réside notamment dans une réponse amoindrie aux vaccins, alors même que les suites d’une infection que ces vaccins préviennent sont plus graves chez une population âgée. Une des caractéristiques fondamentales de l’immunosénescence est l’involution du thymus, organe lymphoïde majeur responsable de la génération du répertoire périphérique en lymphocytes T naïfs et divers d’une part, et de l’établissement de la tolérance immunitaire centrale vis-à-vis du soi d’autre part. Cette diminution de la capacité de maintenir un répertoire suffisamment divers de cellules T naïves pourrait, tout comme une perte de la capacité de présentation de l’antigène à ces cellules, être la cause majeure de la moindre réponse vaccinale. Le programme de recherches proposé vise à valoriser les critères moléculaires et cellulaires objectifs liant l’immunosénescence à la fragilité, définis grâce au programme de recherche SENEGENE financé par la RW, afin de caractériser l’état d’immunosénescence critique de la personne âgée, et à tester l’effet sur l’immunosénescence de thérapeutiques reconnues comme bénéfique pour différents aspects associés à la somatosénescence. Un modèle in vitro de présentation de l’antigène sera validée qui permettra de contrôler l’effet de substances thérapeutiques sur la qualité de la réponse immune. En parallèle, des interventions ciblées à l’aide des mêmes substances thérapeutiques lors de programme de vaccination de type antiinfluenza et anti-pneumocoque chez les seniors seront effectuées afin de vérifier la validité des tests in vitro et d’étudier les effets sur le système immunitaire des seniors. Objectif Restaurer/renforcer les réponses vaccinale et immunitaire de la personne âgée. Hypothèse de travail et méthodologie Sur la base d’une partie des résultats acquis grâce au programme Réseaux 2 SENEGENE, en particulier l’influence majeure d’une molécule d’intérêt sur la fonction thymique de l’adulte, nous proposons les axes stratégiques suivants pour atteindre l’objectif de ce projet Vaccinage : 1. Etude de la thymopoïèse de cellules T naïves et de différents paramètres de la réponse immunitaire chez la souris après administration temporaire de la molécule d’intérêt. 2. Restaurer la génération intrathymique de lymphocytes T naïfs par l’administration temporaire de la molécule d’intérêt à des seniors en dehors et au sein d’un programme de vaccination. 3. Etudier la présentation de l’antigène chez la personne âgée et identifier les points de contrôle de cette présentation qui permettraient de renforcer celle-ci chez les seniors. VACCINAGE (153) Page 63/66
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