Jahresbericht 2003 - Leibniz Institute for Age Research

Arbeitsgruppe Platzer
2.3. DNA-Charakterisierung klinischer Proben zur Identifizierung der genomischen
Grundlagen von polygenen entzündlichen Erkrankungen
Mitarbeiter: M. Utting, K. Huse, M. Platzer
Finanzierung: DLR, 0101GS und 01GS0171 (2001 - 2004)
Kooperationen: S. Schreiber, Universität Kiel
Im Rahmen des krankheitsorientierten NGFN-Netzes "Umweltbedingte Erkrankungen" (Koordinator
des Teilprojektes Prof. Dr. Schreiber, Kiel) wurden methodische Entwicklungen zum
Einsatz von Pyrosequenzierung zur Bewertung der Transkription von Genen abgeschlossen.
Verschiedene Gene wurden hinsichtlich des Vorliegens von “allelic imbalance” der Transkripte
charakterisiert. Für CARD15 konnte dabei gezeigt werden, dass es bei einigen Individuen
zu einer unterschiedlichen Expression ihrer beiden Allele kommt. Darüber hinaus ist die
verbesserte Methodologie auch hilfreich bei der Bestimmung von Allelfrequenzen in gepoolten
Proben, was in mehreren Anwendungen demonstriert wurde. Eine enprechende methodische
Publikation ist 2004 in Biotechniques erschienen.
Weiterhin konnte gezeigt werden, dass ein Polymorphismus im Gen BTNL2 mit Sarcoidose
assoziiert ist. Dazu wurde die Transkriptstruktur von BTNL2 aufgeklärt und nachgwiesen,
dass der entsprechende Polymorphismus für ein aberrantes Spleissen verantwortlich ist.
Eine entsprechende Publikation wurde bei Nature Genetics eingereicht und befindet sich in
Revision.
3. Analyse des Genoms von Dictyostelium discoideum
Mitarbeiter: G. Glöckner, M. Platzer
Finanzierung: DFG, Pl 173/5-2 (1998 - 2004)
Kooperationen: A. Noegel, Universität Köln; P. Dear, MRC Cambridge;
A. Kuspa, Baylor College of Medicine, Houston;
B. Barell, The Sanger Instiute, Hinxton;
J. Williams, University of Dundee, Scotland
Im Rahmen der DFG-Initiative "Genomanalyse eukaryotischer Mikroorganismen" stand die
Sequenzanalyse der Chr. 1 und 2 von Dictyostelium discoideum im Mittelpunkt. Auf der
Basis der Ende 2001 abgeschlossen "Shotgun"-Sequenzierungsphase wurde die Assemblierung
von Chr. 1 und das Schließen von Lücken auf Chr. 2 vorangetrieben.
Die assemblierten Contigs von Chr. 2 wurden überprüft und passende Sequenzen aus den
anderen am internationalen Dictyostelium-Projekt beteiligten Zentren (The Sanger Institute,
Hinxton, Uk; Baylor College of Medicine, Houston, US) integriert. Dadurch und mittels verschiedener
PCR-Methoden konnte die Zahl der Lücken auf Chr. 2 deutlich reduziert werden.
Ende 2003 lag das Chromosom in nur noch 48 Stücken vor, von denen die meisten entlang
der physischen Karte angeordnet werden konnten. Für Chromosom 3 wurden die noch benötigten
Sequenzen generiert. Unter Zuhilfenahme aller verfügbaren Sequenzressourcen
wurde auch dieses Chromosom assembliert. Damit wurde im Rahmen des Dictyosteliumprojektes
2/3 des Genoms in Jena sequenziert, assembliert und analysiert. Die Ergebnisse
dieser Arbeiten sollen im Jahre 2004 zusammen mit den Kooperationspartnern veröffentlicht
werden.
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