Jahresbericht 2003 - Leibniz Institute for Age Research
Jahresbericht 2003 - Leibniz Institute for Age Research
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Arbeitsgruppe Wilhelm<br />
3. Identifizierung typischer Strukturen in gewichteten Netzwerken<br />
Mitarbeiter: J. Hollunder, A. Beyer, T. Wilhelm<br />
Finanzierung: alle BMBF (JCB)<br />
Kooperationen: keine<br />
Unter der vereinfachten Annahme, dass alle Verbindungen zwischen den Knoten gleich stark<br />
sind, wurden in verschiedenen Netzwerken (z.B. Proteinwechselwirkungsnetze oder metabolische<br />
Netze) interessante Strukturen entdeckt, die Hinweise auf die zugrundeliegende zelluläre<br />
und evolutionäre Dynamik liefern können. Wir gehen einen Schritt weiter und identifizieren<br />
typische Muster in der allgemeinsten Form von Netzwerken: in gerichteten und gewichteten<br />
Netzen.<br />
4. Ein neues Klassifikationsschema des genetischen Codes<br />
Mitarbeiter: S. Nikolajewa, T. Wilhelm<br />
Finanzierung: alle BMBF (JCB)<br />
Kooperationen: keine<br />
Wir schlagen ein neues Klassifikationsschema des genetischen Codes vor, das auf einer binären<br />
Repräsentation der Purine und Pyrimidine beruht. Dieses Schema zeigt bisher noch<br />
nicht bekannte Muster im genetischen Code, z.B. sind nahezu alle quantifizierten Aminosäureeigenschaften<br />
zu Lagerkvists codon-anticodon Bindungsstärke korreliert. Das hat<br />
Implikationen für die Evolution des genetischen Codes.<br />
5. Quantifizierung der posttranskriptionellen Regulation in Hefe<br />
Mitarbeiter: A. Beyer, J. Hollunder, T. Wilhelm<br />
Finanzierung: alle BMBF (JCB)<br />
Kooperationen: Dr. H.-P. Nasheuer, Galway, Ireland<br />
Basierend auf aktuellen genomweiten Daten für Hefe (Protein- und mRNA Abundanzen,<br />
Ribosomendichte und Transkriptlänge) untersuchen wir das Verhältnis von Transkription,<br />
Translation und Proteindegradation. Durch Kombination verschiedener mRNA Datensätze<br />
und einer neuen Methode zur Berichtigung hochabundanter mRNAs schaffen wir einen<br />
neuen mRNA Referenzdatensatz. Durch geeignete Kombination der verschiedenen Daten<br />
sind wir in der Lage, für fast alle Einzelproteine die entsprechende Abbaurate anzugeben.<br />
6. Identifizierung der für rheumatoide Arthritis relevanten Gene<br />
Mitarbeiter: A. Beyer, J. Hollunder, T. Wilhelm<br />
Finanzierung: alle BMBF (JCB)<br />
Kooperationen: R. Kinne, FSU Jena<br />
Eine Auswertung von mRNA-chips zeigt die in Ostheoarthritis und rheumatoider Arthritis<br />
unterschiedlich expremierten Gene als Antwort auf den Wachstumsfaktor PDGF.<br />
7. Quantifizierung der Robustheit metabolischer Systeme<br />
Mitarbeiter: T. Wilhelm<br />
Finanzierung: BMBF (JCB)<br />
Kooperationen: Prof. Stefan Schuster, FSU Jena<br />
Wir zeigen, dass die bisher zur Quantifizierung der Robustheit verwendete Zahl der Elementarmoden<br />
kein geeignetes Maß darstellt und schlagen neue Maße vor. Eine erste Anwendung<br />
zeigt, dass der Metabolismus von E.coli robuster ist als der des menschlichen Erythrozyten.<br />
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