Jahresbericht 2003 - Leibniz Institute for Age Research
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Arbeitsgruppe Zacharias<br />
Barrieren der Torsionswinkelrotation entlang der Peptidhauptkette und resultiert in einem<br />
deutlich verbesserten Absuchen von möglichen Peptidkon<strong>for</strong>mationen. Durch das Reskalieren<br />
der Torsionswinkelbarrieren wird während der Simulation das Orginalkraftfeld des<br />
Peptidsegments schrittweise eingeführt. Ein im Prinzip ähnlicher Ansatz zur Modellierung<br />
von Seitenketten in Proteinmodellen wurde entwickelt. Bisherige Methoden der Modellierung<br />
von Aminosäureseitenketten in Proteinen gehen von einer fixierten Proteinhauptkettenkon<strong>for</strong>mation<br />
aus. Das Prinzip unserer Methode ist die spezifische und revesible Potentialskalierung<br />
von Proteinseitenketten während einer Moleküldynamiksimulation. Durch die<br />
Potentialskalierung sind die gewählten Seitenketten zunächst in der Simulation sehr beweglich.<br />
Im Gegensatz zu existierenden Seitenkettenvorhersage-Methoden ist in unserem Ansatz<br />
die Kon<strong>for</strong>mation der Proteinhauptkette nicht fixiert sondern ebenfalls beweglich.<br />
Seitenkettenplatzierung und Hauptkettenanpassung können simultan erfolgen und Wassermoleküle<br />
können mit einbezogen werden. Der Ansatz zeigt besonders für die Platzierung<br />
von Seitenketten im Inneren von Proteinen sehr gute Ergebnisse (Riemann & Zacharias, in<br />
prep).<br />
Externe Kooperationen<br />
Dr. T. P. Straatsma, Pacific Northwest National Laboratories, USA<br />
Dr. H. Sklenar, Max Delbrück Centrum für Molekulare Medizin, Berlin.<br />
Prof. Dr. J. Engels, Universität Frankfurt, Frankfurt a.M.<br />
Dr. A. M.L. Lever, University of Cambridge, UK<br />
Interne Kooperationen<br />
Dr. Platzer, Genomanalyse<br />
Dr. Sühnel, Biocomputing<br />
Dr. Hillisch, Entec GmbH<br />
Dr. Pineda, Entec GmbH<br />
Publikationen<br />
Referierte Publikationen<br />
Villescas, G. & M. Zacharias. Sequence context dependence of tandem guanine: adenine<br />
mismatch con<strong>for</strong>mations in RNA: A continuum solvent analysis. Biophys. J. 85 (<strong>2003</strong>)<br />
1311-1321.<br />
Zacharias M. Perspectives of Drug design that targets RNA. Curr. Med. Chem.-Anti-Infective<br />
<strong>Age</strong>nts 2 (<strong>2003</strong>) 161-172.<br />
Zacharias, M. Continuum solvent modelling of non-polar solvation: Improvement by<br />
separating surface area dependent cavity and dispersion contributions. J. Phys. Chem. A<br />
107 (<strong>2003</strong>) 3000-3004.<br />
Zacharias, M. Protein-protein docking with a reduced protein model accounting <strong>for</strong> side-chain<br />
flexibility. Protein Science 12 (<strong>2003</strong>) 1271-1282.<br />
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