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Jahresbericht 2003 - Leibniz Institute for Age Research

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Arbeitsgruppe Sühnel<br />

Arbeitsgruppe Sühnel<br />

Biocomputing<br />

Jürgen Sühnel<br />

Dr. sc. nat., Friedrich-Schiller-Universität Jena (1987)<br />

Dr. rer. nat., Technische Universität Dresden (1975)<br />

Wissenschaftler<br />

Dipl.-Inf. Friedrich Haubensak 1)<br />

Dr. Gerhard Müller 1)<br />

Dr. Kerstin Rahn 2)<br />

Dipl.-Biol. Jan Reichert 1,2)<br />

Dr. Eberhard Schmitt 1)<br />

Dr. Alessandro Romualdi 2)<br />

Dr. Andrzej Szymoszek 2)<br />

Dr. Karin Wieligmann 3)<br />

(ehemals Theoretische Biophysik)<br />

(ehemals Theoretische Biophysik)<br />

Wissenschaftlich-technische Mitarbeiter<br />

Dipl.-Ing. Herbert Liebisch 1)<br />

Kristina Mehliß 1) , Math.-technische Assistentin<br />

Doktoranden<br />

Gilberto Villescas-Diaz 1)<br />

Nico Riemann 2)<br />

(ehemals Theoretische Biophysik)<br />

(ehemals Theoretische Biophysik)<br />

Praktikanten<br />

Michal Baum, Bioin<strong>for</strong>matikstudent an der FSU Jena (Wiss. Hilfskraft)<br />

Daniela Albrecht<br />

Nadja Klujewa<br />

Finanzierung<br />

1) Haushalt des IMB<br />

2)<br />

BMBF-Projekt 0312704E (JCB)<br />

3) DFG SFB 604 (von M. Zacharias eingeworben)<br />

Überblick<br />

Die Arbeitsgruppe arbeitet vorwiegend in den Bereichen Bioin<strong>for</strong>matik/Computational<br />

Biology. Hier haben wir uns insbesondere für die Identifikation und Analyse bisher unbekannter<br />

oder ungewöhnlicher Strukturmotive interessiert. Die Motivation für diese Arbeiten<br />

ergibt sich aus der Tatsache, dass trotz einer schnell größer werdenden Datenbasis von<br />

experimentellen dreidimensionalen (3D) Strukturen erfolgreiche Vorhersagen der 3D-Strukturen<br />

biologischer Makromoleküle nach wie vor eher die Ausnahme als die Regel sind. Eine<br />

mögliche Erklärung ist, dass unser bisheriges Wissen in diesem Bereich unvollständig ist.<br />

Im Jahre <strong>2003</strong> haben wir eine Reihe von Resultaten zu Basentetraden in Nukleinsäuren, die<br />

z.B. in Telomerenstrukturen vorkommen, in Publikationen beschrieben. Daneben haben wir<br />

an einer Analyse zur Rolle von sogenannten nicht-repetitiven Dipeptiden in Proteinen weitergearbeitet.<br />

Unsere Datenbank, die IMB Jena Image Library of Biological Macromolecules<br />

(http://www.imb-jena.de/IMAGE.html), die ausgehend von Daten aus der Proteindatenbank<br />

In<strong>for</strong>mationen zu allen gegenwärtig bekannten dreidimensionalen Biopolymerstrukturen anbietet,<br />

wurde substantiell weiterentwickelt. In einem Gemeinschaftsprojekt mit dem Hans-<br />

Knöll-Institut für Naturstoff-Forschung und mit zwei Arbeitsgruppen von der Friedrich-<br />

Schiller-Universität wurde die Struktur des antibiotisch wirkenden Peptaibols Ampullosporin<br />

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