Jahresbericht 2003 - Leibniz Institute for Age Research
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Arbeitsgruppe Zacharias<br />
Arbeitsgruppe Zacharias<br />
Theoretische Biophysik<br />
Martin Zacharias<br />
Dr. rer. nat. habil., Humboldt Universität Berlin (1998)<br />
Dr. rer. nat., Freie Universität Berlin (1990)<br />
Wissenschaftler<br />
Dr. Karin Wieligmann 2)<br />
Dr. Andrzej Szymoszek 3)<br />
Doktoranden<br />
Diplm.-Chem. Gilberto Villescas-Diaz 1)<br />
Diplm.-Phys. Nico Riemann 4)<br />
Finanzierung:<br />
1) Haushalt-IMB<br />
2) DFG SFB 604<br />
3) BMBF JCB D2<br />
4) BMBF JCB D4<br />
Überblick<br />
Die Arbeitsgruppe Zacharias (Theoretische Biophysik) benutzt Computersimulationsmethoden,<br />
um die Struktur und Funktion von Biomolekülen zu untersuchen. Ziel unserer Forschung<br />
ist es, den Mechanismus der Strukturbildung und die Assoziation von Biomolekülen besser<br />
zu verstehen. Der Schwerpunkt unserer Arbeiten ist die Verbesserung von Methoden zur<br />
Vorhersage der Kon<strong>for</strong>mation von Biomolekülstrukturen und die Untersuchung von<br />
Liganden-Rezeptor-Wechselwirkungen. Die Ansätze werden auf Assoziationsvorgänge von<br />
Biomolekülen angewendet, die Bedeutung bei der Signalübertragung und bei der Entstehung<br />
von Krankheiten haben.<br />
Die Arbeitsgruppe bestand im Jahre <strong>2003</strong> nur für den Monat Januar (Wechsel von M.<br />
Zacharias nach Bremen im Februar <strong>2003</strong>). Drei ehemalige Mitarbeiter der Gruppe verblieben<br />
das gesamte Jahr <strong>2003</strong> am IMB (als Mitglieder der Gruppe Sühnel). Ein Mitarbeiter (Gilberto<br />
Villescas-Diaz, von 02 – 06/<strong>2003</strong> Mitglied der Gruppe Sühnel) wechselte im Juli <strong>2003</strong> zur<br />
Universität von Madrid. Die am IMB verbliebenen Mitarbeiter wurden aus Bremen akademisch<br />
fernbetreut.<br />
Forschungsschwerpunkte<br />
1.1. Simulation von Protein-Protein Wechselwirkungen mit einem reduzierten Protein<br />
Modell<br />
Mitarbeiter: M. Zacharias<br />
Finanzierung: Haushalt-IMB, DFG-SFB 604<br />
Kooperationen: J. Sühnel<br />
Es wurde ein Ansatz zum Protein-Protein-Docking mit einem reduzierten Proteinmodell entwickelt<br />
(publiziert in: Zacharias, Protein Science, <strong>2003</strong>). Mit diesem Ansatz beteiligten wir<br />
uns als einzige deutsche Bioin<strong>for</strong>matik-Gruppe am Protein-Protein-Docking Wettbewerb<br />
Capri3. Für einen Laminin-Nidogen-Komplex zeigte unsere Vorhersage sehr gute Übereinstimmung<br />
mit der später publizierten experimentellen Komplex-Struktur http://capri.ebi.ac.uk/<br />
round3/statistic.html).<br />
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