Jahresbericht 2003 - Leibniz Institute for Age Research

Arbeitsgruppe Sühnel
sammenarbeit zwischen experimentellen und theoretischen Gruppen werden in diesem Projekt
sowohl Sequenzierarbeiten (Genomanalyse) als auch bioinformatische Methodenentwicklungen
und Analysen auf der Sequenzebene (Biocomputing) und der 3D-Struktur-Ebene
(Theoretische Biophysik) durchgeführt. Bisher wurden die folgenden Ergebnisse erhalten:
• weitgehender Abschluss der Genomanalysen für Borrelia garinii PBi und E. coli WF1655+;
• partielle Sequenzierung von Legionella hackeliae, Legionella micdadei;
• In-silico-Analysen zur Fundierung der Low-Redundancy-Sequenzierstrategie;
• Entwicklung des Analysewerkzeugs GenColors, das die Besonderheiten der Daten aus
einem Low-Redundancy-Genomprojekt berücksichtigt und weitere Annotationswerkzeuge,
insbesondere für den Genomvergleich enthält;
• methodische Entwicklungen zur Modellierung von Seitenketten in Proteinmodellen und zur
Verfeinerung von Protein-Protein Komplexmodellen; Modellierung des Borrelia-Virulenzfaktors
Nicotinamidase.
GenColors befindet sich in ständiger Weiterentwicklung, wird aber intern bereits benutzt.
Eine Option von GenColors, der Jena Prokaryotic Genome Viewer (www.imb-jena.de/
JPGV/), ist aber bereits öffentlich verfügbar.
6. Statistische Betrachtungen zu Chromosomenassoziation und DNA-Reparatur
Mitarbeiter:
E. Schmitt
Finanzierung: Haushalt IMB
Kooperation-intern: Einzelzell-, Einzelmolekültechniken
Experimente zur Chromosomenarchitektur und Nucleusdynamik im Reparaturverlauf nach
unterschiedlichen Vorschädigungen des Chromatins durch Reagenzien wurden zunächst
statistisch, dann unter Anwendung eines geometrischen Modells hinsichtlich quantitativer
Bestimmung der Veränderungen der Abstände homologer Chromosomen (Reparaturmatrix)
ausgewertet. Die mathematische Untersuchung derartiger Abstandsverteilungen bei unterschiedlichen
Punktedichten innerhalb verschiedener geometrischer Objekte in 2 oder 3
Dimensionen wurde fortgesetzt.
Darüber hinaus wurden für molekularbiologische Arbeiten in der Arbeitsgruppe Greulich Programme
zur Primersuche und zur Auswertung von zelltypspezifischen RNA-Konzentrationsprofilen
aus Chipexperimenten neu- und weiterentwickelt. Im letzteren Fall kamen unterschiedliche
Scoringfunktionen zur Charakterisierung von Unterschieden von Messwerten und
deren Relevanz zum Einsatz.
7. Bioinformatik für COMBO-FISH
Mitarbeiter:
E. Schmitt
Finanzierung: Haushalt IMB
Kooperation-extern: U. Hansmann, Universität Freiburg
Die bioinformatische Unterstützung der Arbeitsgruppe von Prof. Hausmann am Pathologischen
Institut des Uniklinikums Freiburg bei der Entwicklung der Diagnostik durch
COMBO-FISH zur Praxisreife wurde fortgesetzt. Die neu entwickelten Genomanalyseprogramme
können semiautomatisch zur Suche und zur statistischen Untersuchung von
Homopurin- und -pyrimidinsequenzen benutzt werden. Dieser Status diente zur Festlegung
des Meilensteins des Projektes bei der Präsentation Anfang April 2004. Gleichzeitig konnten
Weiterentwicklungen hinsichtlich der Behandlung (Datenstrukturen) und Charakterisierung
(Scoringfunktionen) derartiger Sequenzen mit partiellen Störungen begonnen werden.
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