Jahresbericht 2003 - Leibniz Institute for Age Research

Arbeitsgruppe Platzer
4.3. Identifikation potenzieller Virulenzgene von Legionella Arten, den Erregern der
Legionärskrankheit
Mitarbeiter: G. Glöckner, R. Lehmann, M. Platzer
Finanzierung: Haushalt-IMB, PTJ 0312704E D4 (JCB)
Kooperationen: J. Hacker, Universität Würzburg; A. Romualdi, J. Sühnel, IMB
Die Sequenz des Genoms von L. pneumophila, dem Erreger der Legionärskrankheit ist weitgehend
bekannt (Columbia Genome Center, New York, US) und kann als Rückgrat für die
Assemblierung von verwandten Mikroorganismen herangezogen werden.
Mit unseren Kooperationspartnern an der Universität Würzburg wurde aus dem Spektrum
der bekannten Legionella-Arten die Spezies L. hackeliae, L. micdadei, L. pneumophila corby
und ein LLAP Stamm ausgesucht, da sie interessante Aspekte der Gattung vertreten. Auf
genomischer Ebene weisen die Legionella Vertreter jedoch große Unterschiede auf. Deshalb
bestand das erstes Ziel in diesem Projekt darin, unter ihnen die geeignetste Spezies für die
komparative Analyse zu identifizieren. Zu diesem Zweck wurden von allen ausgewählten
Spezies genomische Klonbibliotheken hergestellt. Die Testsequenzierungen zeigten, dass L.
hackeliae, ein apathogener Stamm, am besten für eine komparative Assemblierung geeignet
ist.
Die Arbeiten zur niedrigredundanten Sequenzierung von L. hackeliae wurden abgeschlossen.
Zur Zeit besteht das assemblierte Genom aus 90 Contigs, die im Laufe des Jahres 2004
im Vegleich zu L. pneumophila analysiert werden sollen. Die Shotgunsequenzierung der
Spezies L. micdadei ist weitgehend abgeschlossen. Die Assemblierung und Annotation wird
bis Sommer 2004 abgeschlossen sein.
4.4. EST-Analysen von Algenspezies
Mitarbeiter: G. Glöckner
Finanzierung: DFG, AWI (2003 - 2004)
Kooperationen: B. Becker, M. Melkonian, Universität zu Köln;
K. Valentin, Alfred-Wegener-Institut, Bremerhaven
Mit Chlamydomonas reinhardtii wurde bisher eine einzige grüne Alge intensiv genomisch bearbeitet.
Da diese Alge nicht in direkter Linie zu den höheren Landpflanzen führt, wurde von
unseren Kölner Kooperationspartnern ein EST-Sequenzierungsprojekt angeregt, mithilfe
dessen das Transkriptom der grünen Alge Mesostigma viride analysiert werden sollte. Zu
diesem Zweck wurden 4 verschiedene cDNA-Banken hergestellt. Insgesamt ist das Projekt
auf 10000 ESTs angelegt, wovon wir die Hälfte bereits im Jahre 2003 sequenziert haben.
Die assemblierten Sequenzen wurden analysiert und die Ergebnisse in eine eigens erstellte
Datenbank überführt. Ein Nachfolgeantrag für dieses Projekt soll im Jahr 2004 gestellt
werden.
Ein weiteres Kooperationsprojekt befasst sich mit einer extremophilen Alge. Hier interessieren
uns in Zusammenarbeit mit dem Alfred-Wegener Institut Gene, die unter extremen Lebensbedingungen
von der Diatomee Fragilaropsis cylindrus benötigt werden. In diesem Projekt
wurden bisher 1000 EST Klone sequenziert und analysiert. Diese Daten sollen ebenfalls
in die Algendatenbank aufgenommen werden.
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