Pseudomonas syringae DC3000 levaansukraasi Lsc3 katalüütilise ...

80 90 100 110 120 130 140
....|....|....|....|....|....|....|....|....|....|....|....|....|....|
Ps PLVDNIKYPP-----TVWSRADALKVNEN------------DPTTTQPLVSADFPVMSDTVFIWDTMPLR 67
Gd SIHTQQAYDPQSDFTARWTRADALQIKAHSDATVAAGQNSLPAQLTMPNIPADFPVINPDVWVWDTWTLI 140
Zm MLNKAGIAEP-----SLWTRADAMKVHTD------------DPTATMPTIDYDFPVMTDKYWVWDTWPLR 53
Ra --MTNLNYTP-----TIWTRADALKVNEN------------DPTTTQPIVDADFPVMSDEVFIWDTMPLR 51
150 160 170 180 190 200 210
....|....|....|....|....|....|....|....|....|....|....|....|....|....|
Ps ELDGTVVSVNGWSVIITLTADRHPDDPQYLGPDGRYDIKRDWEDRHGRARMCYWYSRTGK---------D 128
Gd DKHADQFSYNGWEVIFCLTADPN--------------AGYGFDDRHVHARIGFFYRRAGIPASRRPVNGG 196
Zm DINGQVVSFQGWSVIFALVADR---------------TKYGWHNRNDGARIGYFYSRGGS---------N 99
Ra SLDGTVVSVDGWSVIFTLTAQRNNNNSEYLDAEGNYDITSDWNNRHGRARICYWYSRTGK---------D 112
220 230 240 250 260 270 280
....|....|....|....|....|....|....|....|....|....|....|....|....|....|
Ps WIFGGRVMAEGVSPTT---------REWAGTPILLNDKGD-IDLYYTCV-----------TPG-AAIAKV 176
Gd WTYGGHLFPDGASAQVYAGQTYTNQAEWSGSSRLMQIHGNTVSVFYTDVAFNRDANANNITPPQAIITQT 266
Zm WIFGGHLLKDGANPRS---------WEWSGCTIMAPGTANSVEVFFTSVND---------TPSESVPAQC 151
Ra WIFGGRVMAEGVSPTS---------REWAGTPILLNEDGD-IDLYYTCV-----------TPG-ATIAKV 160
RDP-motiiv
Nukleofiil
290 300 310 320 330 340 350
....|....|....|....|....|....|....|....|....|....|....|....|....|....|
Ps RGRIVTSDQGVELKDFTQVKKLFEADGTYYQTEAQNSSWNFRDPSPFIDPND-GKLYMVFEGNVAGERGS 245
Gd LGRIHADFNHVWFTGFTAHTPLLQPDGVLYQNGAQNEFFNFRDPFTFEDPKHPGVNYMVFEGNTAGQRGV 336
Zm KGYIYADDKSVWFDGFDKVTDLFQADGLYYADYAENNFWDFRDPHVFITPKI-GKTYALFEGNVAMERGT 220
Ra RGKVLTSEEGVTLAGFNEVKSLFSADGVYYQTESQNPYWNFRDPSPFIDPHD-GKLYMVFEGNVAGERGS 229
Alus-hape katalüüsija
360 370 380 390 400 410 420
....|....|....|....|....|....|....|....|....|....|....|....|....|....|
Ps HTVGVAELGPVP--PGHEDVG-----GARFQVGCIGLAVAKDLSGEEWEILPPLVTAVGVNDQTERPHYV 308
Gd ANCTEADLGFRPNDPNAETLQEVLDSGAYYQKANIGLAIATDSTLSKWKFLSPLISANCVNDQTERPQVY 406
Zm VAVGEEEIGPVP--PKTETPD-----GARYCAAAIGIAQALNEARTEWKLLPPLVTAFGVNDQTERPHVV 283
Ra HVIGKQEMGTLP--PGHRDVG-----NARYQAGCIGMAVAKDLSGDEWEILPPLVTAVGVNDQTERPHFV 292
430 440 450 460 470 480 490
....|....|....|....|....|....|....|....|....|....|....|....|....|....|
Ps FQDGKYYLFTISHKFTYADGVTGPDGVYGFVGEH-LFGPYRPMN-ASGLVLGNPPEQ------------- 363
Gd LHNGKYYIFTISHRTTFAAGVDGPDGVYGFVGDG-IRSDFQPMNYGSGLTMGNPTDLNTAAGTDFDPSPD 475
Zm FQNGLTYLFTISHHSTYADGLSGPDGVYGFVSENGIFGPYEPLN-GSGLVLGNPSSQ------------- 339
Ra FQDGKYYLFTISHKFTYADGLTGPDGVYGFLSDN-LTGPYSPMN-GSGLVLGNPPSQ------------- 347
500 510 520 530 540 550 560
....|....|....|....|....|....|....|....|....|....|....|....|....|....|
Ps ----PFQTYSHCVMPNGLVTSFIDSVPTTGED-YRIGGTEAPTVRILLKGDRSFVQEEYD------YGYI 422
Gd QNPRAFQSYSHYVMPGGLVESFIDTVEN------RRGGTLAPTVRVRIAQNASAVDLRYGNGGLGGYGDI 539
Zm ----PYQAYSHYVMTNGLVTSFIDTIPSSDPNVYRYGGTLAPTIKLELVGHRSFVTEVKG------YGYI 399
Ra ----PFQTYSHCVMPNGLVTSFIDNVPTSDGN-YRIGGTEAPTVKIVLKGNRSFVERVFD------YGYI 406
Joonis 2. Väljavõte nelja gramnegatiivsest bakterist pärineva levaansukraasi joondusest.
Joondus on esitatud ilma N- ja C-terminaalsete osadeta: P. syringae pv. tomato Lsc3 (Ps)
positsioonidest 15-422 (täispikkus 431 ah), G. diazotrophicus’e LsdA positsioonidest (Gd)
71-539 (täispikkus 584 ah), Z. mobilis’e LevU (Zm) positsioonidest 1-399 (täispikkus 423
ah), R. aquatilis’e LsrA (Ra) positsioonidest 1-406 (täispikkus 415 ah). Joondus tehti
programmiga ClustalW (Thompson et al., 1994). Identsed aminohapped on näidatud mustal
taustal ja sarnased hallil taustal. Roosa taustaga on märgitud käesolevas töös uuritud Lsc3
mutandid, kus on asendatud aspartaadid positsioonides 62, 219 või 225, proliin positsioonis
222 või glutamaat positsioonis 303 (vt. Tabel 2).
23