Actas JP2011 - Universidad de La Laguna

Actas XXII Jornadas de Paralelismo (JP2011) , La Laguna, Tenerife, 7-9 septiembre 2011TABLA VIComparativas de Sensibilidad (nSn) y Valor de Predicciones Positivas (nP P V ) de las soluciones del DEPT.nSnnPPVInstancia Mejor Valor (método) DEPT Incremento Mejor Valor (método) DEPT Incrementodm01g 0,344000 (SeSiMCMC) 0,440000 0,096000 0,344000 (SeSiMCMC) 1,000000 0,656000dm04g 0,022222 (MotifSampler) 0,370370 0,348148 0,032967 (MotifSampler) 0,888889 0,855922dm05g 0,037500 (MEME) 0,293750 0,256250 0,026666 (MEME) 1,000000 0,973333hm03r 0,063725 (MEME) 0,250000 0,186275 0,108333 (MEME) 0,564103 0,455770hm04m 0,005952 (AlignACE) 0,273810 0,267858 0,006060 (AlignACE) 0,333333 0,327272hm16g 0,000000 (-) 0,384146 0,384146 0,000000 (-) 0,666667 0,666667mus02r 0,094827 (MEME) 0,306034 0,211206 0,142857 (MEME) 0,750000 0,607143mus03g 0,281690 (AlignACE) 0,528169 0,246479 0,256410 (AlignACE) 1,000000 0,743590mus07g 0,040000 (ANN Spec) 0,510000 0,470000 0,020942 (ANN Spec) 1,000000 0,979058yst03m 0,340136 (Improbizer) 0,251701 -0,088435 0,700000 (YMF) 0,904762 0,204762yst04r 0,335877 (Consensus) 0,448598 0,112720 0,357142 (MITRA) 0,590909 0,233766yst08r 0,387096 (AlignACE) 0,390681 0,003584 0,786407 (MotifSampler) 0,559524 -0,226884TABLA VIIComparativas de Rendimiento (nP C) y Coeficiente de Correlación (nCC) de las soluciones del DEPT.nPCnCCInstancia Mejor Valor (método) DEPT Incremento Mejor Valor (método) DEPT Incrementodm01g 0,207729 (SeSiMCMC) 0,404762 0,197033 0,330042 (SeSiMCMC) 0,628460 0,298417dm04g 0,013452 (MotifSampler) 0,247525 0,234072 0,013401 (MotifSampler) 0,388252 0,374851dm05g 0,015831 (MEME) 0,211429 0,195598 0,006491 (MEME) 0,399132 0,392641hm03r 0,041800 (MEME) 0,195402 0,153601 0,063601 (MEME) 0,330695 0,267094hm04m 0,003012 (AlignACE) 0,136364 0,133352 -0,000399 (AlignACE) 0,237391 0,237791hm16g 0,000000 (-) 0,274882 0,274882 -0,005203 (MEME) 0,438551 0,443755mus02r 0,060439 (MEME) 0,201258 0,140818 0,097480 (MEME) 0,347446 0,249966mus03g 0,155038 (AlignACE) 0,401070 0,246031 0,222479 (AlignACE) 0,551272 0,328792mus07g 0,013937 (ANN Spec) 0,382114 0,368177 0,006056 (ANN Spec) 0,555691 0,549635yst03m 0,261904 (oligodyad) 0,203488 -0,058417 0,437304 (oligodyad) 0,369000 -0,068304yst04r 0,202765 (Consensus) 0,265152 0,062387 0,322430 (Consensus) 0,430516 0,108086yst08r 0,269103 (MotifSampler) 0,250000 -0,019103 0,470595 (MotifSampler) 0,384898 -0,085698TABLA VIIIRendimiento del DEPT y el NSGA-II utilizando diferentes sistemas multi-núcleo. X es el tiempo medio (ensegundos), S p es el speed-up y E p la eficiencia, para p núcleos.Secuencial 2-Núcleos 4-Núcleos 8-NúcleosDEPT NSGA-II DEPT NSGA-II DEPT NSGA-II DEPT NSGA-IIInstancias X X S 2 E 2 S 2 E 2 S 4 E 4 S 4 E 4 S 8 E 8 S 8 E 8dm01g 139,0 176,6 1,90 95,1% 1,80 90,0% 3,63 90,7% 3,13 78,4% 6,51 81,3% 4,58 57,3%dm04g 139,1 168,6 1,90 94,9% 1,90 95,1% 3,62 90,6% 3,16 79,0% 6,50 81,2% 4,89 61,2%dm05g 107,2 43,2 1,89 94,3% 1,68 84,0% 3,57 89,2% 2,38 59,6% 6,21 77,6% 2,80 35,0%hm03r 150,7 115,6 1,87 93,7% 1,74 86,9% 3,48 87,0% 2,78 69,4% 5,42 67,8% 3,63 45,3%hm04m 130,5 132,3 1,81 90,4% 1,73 86,4% 3,33 83,3% 2,85 71,2% 4,33 54,1% 3,75 46,8%hm16g 156,8 170,6 1,88 94,0% 1,77 88,6% 3,59 89,8% 3,08 77,1% 6,31 78,8% 4,56 56,9%mus02r 177,6 141,7 1,88 93,9% 1,76 88,2% 3,60 90,0% 2,92 73,0% 6,26 78,3% 4,15 51,9%mus03g 131,7 180,8 1,91 95,3% 1,75 87,7% 3,60 90,1% 3,30 82,4% 6,41 80,1% 4,83 60,4%mus07g 173,1 142,3 1,85 92,5% 1,82 90,8% 3,51 87,7% 3,06 76,4% 5,73 71,6% 4,06 50,7%yst03m 175,9 190,1 1,88 94,1% 1,83 91,7% 3,61 90,1% 3,20 80,0% 6,52 81,5% 4,84 60,5%yst04r 172,9 218,2 1,90 94,8% 1,82 91,0% 3,63 90,7% 3,19 79,9% 6,50 81,3% 4,87 60,9%yst08r 200,1 160,6 1,89 94,7% 1,78 89,1% 3,61 90,1% 3,09 77,1% 6,26 78,2% 4,30 53,7%Media 154,6 153,4 1,88 94,0% 1,78 89,1% 3,56 89,1% 3,01 75,3% 6,08 76,0% 4,27 53,4%JP2011-7