Actas JP2011 - Universidad de La Laguna

Actas XXII Jornadas de Paralelismo (JP2011) , La Laguna, Tenerife, 7-9 septiembre 20114. Como resultado se obtendrá un cherofunc.name.php en el directorio problems delservidor. Asegurarse de que tiene permisos deejecución.5. Realizar una llamada al nuevo servicio webdesde un cliente para comprobar el funcionamientocorrecto.No todas las funciones de R pueden ser ofrecidascomo servicio web (por ejemplo, los operadores aritméticos).Para evitar servicios incorrectos, se guardaun listado de funciones no compatibles como serviciosweb para evitar la generación de cheros XMLincorrectos. Una lista de funciones añadida medianteeste procedimiento puede ser consultada en lagura 3. Como ejemplo, puede verse en la gura 4 elformulario generado para la función media.B. Ejecución de scripts de R en OpenCFUn objetivo fundamental del proyecto es que elusuario pueda lanzar sus propios scritps a la máquinade cómputo. Con el script rwrapper.script.pl se consiguióejecutar scripts de R proporcionados por elusuario de forma aislada. Para ello, se ha creado unchero XML describiendo el servicio en cuestión, querequiere del nombre del script principal a ejecutar ydel chero R o un chero .zip con los scripts necesariospara la ejecución del principal. La ejecucióndel script R aportado como entrada podría generarvarios cheros de resultados. Es por ello que comoresultado del servicio, el usuario descarga un cherocomprimido que contiene los resultados y además lapropia entrada del servicio. La gura 5 muestra lainterfaz en modo línea de comandos de OpenCF quepermite lanzar los trabajos de forma remota. Se observael servicio executerscript que permite lanzar suejecución. Los pasos a seguir para su uso son:1. Ejecutar el servicio web con los parámetrosnecesarios2. El wrapper prepara el entorno de ejecución yejecuta el script, generando los resultados oportunos.3. Descargar los resultados.C. Generación dinámica de servicios webEl objetivo de la generación dinámica de serviciosen OpenCF es dotar a los servidores de una mayoroferta de servicios de forma automática o semiautomática.Este servicio permite a un usuario denirun nuevo servicio web que ejecuta un script R subidoal servidor por él. Para agregar un nuevo servicio, senecesita el script (o scripts) en R y un chero XMLque describa el trabajo, como muestra la imagen 6.La manera de elaborar un nuevo servicio web constade tres pasos:1. Generar el script (o scripts) en R2. Hay que elaborar un chero XML que describael trabajo a servir.3. Ejecutar la tarea de agregar servicios dinámicamentecon los parámetros anteriores4. Comprobar que el servicio se agregó correctamente.Con esto conseguimos un nuevo servicio web presenteen el servidor donde se lanzó la ejecución listopara ser llamado por los clientes de OpenCF.V. ConclusiónTecnologías basadas en servicios web han emergidocomo alternativa tecnológica para los portales webcomputacionales. Facilitando el acceso a recursosdistribuidos a traves de interfaces web mientras quese asegura la seguridad simultáneamente es una delas principales metas en la mayoría de las herramientasy entornos de desarrollo existentes. OpenCF,el entorno de desarrollo computacional Open Sourceque hemos desarrollado, comparte estos objetivos yañade otros, como portabilidad, generidad, modularidady compatibilidad con un amplio rango de Sistemasde Computación de Alto Rendimiento. Con laincursión de los lenguajes interpretados hemos añadidoun valor extra a OpenCF ampliando considerablementelas posibilidades para los usuarios nales,haciendo la plataforma aún más independiente y exibleen cuanto se reere a la gestión de tareas porparte de los administradores y a la ejecución de lasmismas por parte de los usuarios. Con la posibilidadde agregar servicios web de forma dinámica se consigueun mayor grado de libertad y participación porparte de los usuarios, agilizando aún más el procesopara poder ejecutar una tarea desde 0 en los HPCS.AcknowlegementsEste trabajo ha sido parcialmente subvencionadopor la EC F(EDER) y la MICINN Española (PlanNacional de I+D+I, TIN2008-06570-C04-03).Referencias[1] Mark Baker, Rajkumar Buyya, and Domenico Laforenza,Grids and grid technologies for wide-area distributedcomputing, Softw., Pract. Exper., vol. 32, no. 15, pp.14371466, 2002.[2] Globus Toolkit: Open source software toolkit for buildingGrid systems,http://www.globus.org.[3] OpenCF project webpage, http://opencf.pcg.ull.es/.[4] A. Santos, F. Almeida, and V. Blanco, Lightweightweb services for high performace computing, in EuropeanConference on Software Architecture ECSA2007,Madrid, Spain, Sept. 2007, number 4758 in Lecture Notesin Computer Science, Springer-Verlag, Berlin, Heidelberg.[5] Francisco Almeida, Vicente Blanco, Carlos Delgado,Francisco de Sande, and Adrian Santos, IDEWEP: Webservice for astronomical parallel image deconvolution,JNCA, vol. 32, pp. 293313, Jan. 2009.[6] Tia Newhall and Barton P. Miller, Performance measurementof interpreted programs, Lecture Notes inComputer Science, vol. 1470, pp. 146156, 1998.[7] R project, R is a free software environment for statisticalcomputing and graphics., .[8] Jeremy Kepner, Maya Gokhale, Ron Minnich, AaronMarks, and John DeGood, Interfacing interpreted andcompiled languages to support applications on a massivelyparallel network of workstations (mp-now), ClusterComputing, vol. 3, pp. 3544, January 2000.[9] Yung-Yu Chen, software framework for solving hyperbolicpartial dierential equations, 2011.[10] Mpi package for r, http://www.stats.uwo.ca/faculty/yu/Rmpi/.JP2011-518