Impact des mÃ©taux lourds sur les interactions plante/ver de terre ...

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Partie C : Résultats – Chapitre C-IIIA.3 Diversité fonctionnelletel-00486649, version 1 - 26 May 2010Nos premiers résultats ont montré que la présence de vers augmentait significativementles densités bactériennes cultivables ; par contre les analyses des communautés bactériennesn’ont pas permis de conclure quant à une action des vers sur la structure de ces communautés.Il est possible que les vers agissent sur la diversité fonctionnelle Scheu et al. (2002) mais nonsur la diversité taxonomique (Brown, 1995). De plus, Tiunov et Dobrovolskaya (2002) ontmontré l’importance des sources de nourriture dans la modification de la composition descommunautés en réponse à la présence de vers. C’est ce que nous avons voulu déterminer ennous intéressant à la détermination des activités métaboliques des souches microbiennesprésentes dans les agrégats racinaires. Dans ce but, une méthode d’étude des profilsmétaboliques a été utilisée : la technique des microplaques Biolog TM . L’analyse des profilsphysiologiques au sein de la communauté bactérienne (Community Level PhysiologicalProfiles ou CLPP) est basée sur la capacité des micro-organismes à utiliser différents substratscarbonés (Mondini et Insam, 2003).Dans notre étude, les microplates Biolog TM GN2 ont été utilisés, ils sont constitués de96 puits qui contiennent chacun une source de carbone susceptible d’être dégradée par lesmicroorganismes. Les plaques Biolog GN2 ont été conçues pour l’identification des bactériesGram négatif et contiennent des substrats appropriés pour ce groupe de microorganismes, cesont les plaques les plus utilisées actuellement pour la recherche en écologie microbienne desmicroorganismes du sol (Stefanowicz, 2006). Ainsi, Preston-Mafham et al. (2002) ontrapporté qu’environ 75 % des travaux scientifiques des 10 dernières années, liés à l’analysedes communautés microbiennes sur les plaques Biolog, ont utilisé des plaques GN.La technique est décrite en détail dans la partie matériel et méthodes. Au cours del’incubation, l’utilisation d’une source de carbone entraîne, via un processus respiratoire, laréduction d’un indicateur rédox (INT-Formazan) aboutissant au développement d’une couleurviolette détectée par spectrophotométrie.La valeur d’AWCD (Average Well Colour Development) représente l’activitéstandardisée des micro-organismes de la communauté testée pour chaque substrat. Pourchaque échantillon, l’analyse comporte ainsi 95 valeurs d’AWCD. L’AWCD est calculée surla courbe moyenne de croissance et est utilisée pour déterminer la diversité fonctionnelle de97
AWCDPartie C : Résultats – Chapitre C-IIIchaque échantillon. La capacité de dégradation de chaque échantillon (richesse) est égalementdéterminée, elle permet d’estimer la proportion de sources de C non utilisées par lescommunautés microbiennes. Enfin, l’indice de Shannon est un indicateur de diversité descommunautés bactériennes (De Fede et Sexstone, 2001).A.3.1 Evolution des valeurs d’AWCD en fonction du temps d’inoculationNous avons suivi l’évolution de la coloration moyenne des plaques au cours du temps,toutes les 24 h pendant 6 jours (Figure 44).tel-00486649, version 1 - 26 May 2010Quel que soit l’échantillon testé, les courbes tracées à partir des valeurs de l’AWCD ontune évolution parallèle (Figure 44). On observe une augmentation rapide de l’AWCD entre 20et 72 h, ensuite la progression devient plus lente. La valeur maximale obtenue au bout des144 h est d’environ 2.Compte tenu du fait qu’à 72 h nous sommes dans la partie exponentielle de la courbepour tous les échantillons, c’est ce temps que nous avons retenu pour les analysescomparatives ultérieures.3,02,52,0AgP/Pb+/SPAgP/Pb++/SPAgP/Pb+/SPVAgP/Pb/++/SPVGN21,51,00,50,00 20 40 60 80 100 120 140 160HeureFigure 44 : Evolution de l’AWCD au cours du temps pour la plaque GN2.98
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