Impact des métaux lourds sur les interactions plante/ver de terre ...

Partie C : Résultats – Chapitre C-III(1) Au mode de conservation des échantillons avant leur analyse (vonWinzingerode et al., 1997).(2) A l’efficacité de l’extraction qui varie avec le type d’échantillon, le type demicroorganisme et leur état physiologique (Moran et al., 1993).(3) A l’amplification préférentielle des séquences de certains taxons par rapportà d’autres (Zheng et al., 1996 ; Suziki et Giovannoni, 1996).‣ Ainsi il est estimé que la technique DGGE ne peut détecter que 1 à 2% despopulations microbiennes représentant les espèces dominantes dans un échantillonenvironnemental (MacNaughton et al., 1999). La combinaison avec une autre techniqueest nécessaire pour confirmer nos résultats. Parallèlement, les bandes d’ADN doiventêtre excisées, clonées et séquencées pour une détermination plus précise (Insam, 2001).tel-00486649, version 1 - 26 May 2010‣ Il est possible également que le génome d’une souche bactérienne puisse êtremodifié à la suite d’une pollution pour retrouver par la suite sa structure initiale.Rasmussen et Sørensen (2001) ont ainsi analysé l’effet du mercure sur la diversitébactérienne en calculant l’indice de Shannon basé sur la quantification du signal dechaque bande DGGE et ils ont pu montrer qu’après une légère diminution initiale de ladiversité, celle-ci tendait à augmenter lentement et constamment durant le temps del’expérience. Ainsi, la diversité bactérienne estimée à la fin de l’inoculation s’est avéréeêtre supérieure à la diversité initiale.‣ Enfin, la structure des communautés bactériennes initiales dans le sol est abondanteet variée mais, lorsque les conditions environnementales ne sont pas favorables,beaucoup d’entre elles sont en dormance (Stenstrom et al., 2001). Ainsi, des bactériesdont la croissance et l’activité sont inhibées par la présence de Pb ne peuvent réagir à laprésence des vers de terre (Gutierrez et Jones, 2006 ; Pawlett et al., 2009).3/ Diversité bactérienne fonctionnelleLa structure taxonomique des communautés bactériennes restant stable dans nosdifférentes expérimentations, nous avons entrepris de déterminer leur diversité fonctionnelle.Pour cela, les plaques enzymatiques Biolog GN2 qui permettent de déterminer l'activitépotentielle des communautés bactériennes ont été utilisées. Ces plaques ont en fait été113