Impact des métaux lourds sur les interactions plante/ver de terre ...

Partie C : Résultats – Chapitre C-IIIB.4 Etude moléculaire des communautés fongiquesL’étude précédente n’a concerné que les souches fongiques cultivables, une analyse del’ADN fongique par la technique PCR-DGGE a été entreprise afin d’avoir l’image la pluscomplète possible de l’évolution de la diversité fongique des agrégats racinaires dans lesdifférents traitements. Le couple d’amorces utilisé est le 403f/662r qui amplifie de manièrespécifique une portion d’environ 260 paires de base du 28S fongique. Le gel DGGE (Figure51) a été obtenu avec un gradient de dénaturation de 40-70 % et la proportion d’acrylamideest de 8 %. Pour chaque échantillon, 3 répétitions ont été effectuées et les profils obtenus enDGGE sont analysés avec le programme TotalLab.tel-00486649, version 1 - 26 May 2010Le profil DGGE a permis d’obtenir une représentation plus complète de la structure etde la diversité génétique de la communauté fongique quand on considère le nombre de bandeset l’indice de Shannon (Tableau 19). Le nombre de bandes le plus élevé a été obtenu dans lesagrégats racinaires cultivés avec vers et en présence d’une dose de plomb de 1000 mg.kg -1 ,avec 27 bandes environ. Tandis que c’est dans les pots témoins sans vers ni plomb que lenombre de bandes est le plus faible avec seulement 18 bandes. Les plantes ayant poussé enprésence de vers de terre (SPV), sur des sols pollués au Pb et non pollués, présentent unestructure de leur communauté fongique avec un plus grand nombre de bandes et une diversitéplus importante donnée par l’indice de Shannon que dans ceux où les vers de terre sontabsents (SP).A partir des profils, un dendrogramme de similarité a été réalisé (Figure 52). Il sépareles agrégats racinaires obtenus en présence de vers des agrégats racinaires sans vers. Parailleurs, pour les traitements sans vers, il y a une nette séparation entre les agrégats racinairesrécoltés dans les expérimentations polluées au Pb et les agrégats provenant desexpérimentations sans Pb ou polluées à 500 mg.kg -1 , c’est-à-dire qu’en présence d’une fortedose de Pb il y a modification de la communauté fongique.Le test ANOVA à plusieurs facteurs confirme ces résultats ; il indique clairement que lastructure des communautés fongiques (exprimées en nombre de bandes et en indice deShannon) des agrégats racinaires est significativement corrélée aux facteurs présence/absencede vers et présence/absence de Pb (Tableau 19).108