Applied Biosystems StepOne™ System Real-Time PCR System ...

More documents

Recommendations

Info

Capitolo 5 Analisi dell'esperimento Visualizzazione tabella Well (Pozzetto) Colonna Nome saggio SNP ID saggio Operazione Allele 1 / 2 Colranti allele 1 / 2 Allele 1 / 2 R n Rif pass Richiesta Qualità(%) Metodo Commenti Allele 1 / 2 C T Il nome del saggio SNP valutato per il pozzetto. Descrizione Il numero di ID del saggio dell'SNP valutato per il pozzetto. L'operazione assegnata al pozzetto (Non noto, controllo negativo o controllo positivo). Il nome dell'allele associato per l'SNP valutato per il pozzetto. Il nome dei coloranti reporter e quencher dell'allele associato per l'SNP valutato per il pozzetto. Segnale normalizzato (R n ) del colorante reporter dell'allele associato per l'SNP valutato per il pozzetto. Il segnale del colorante di riferimento passivo per il pozzetto. La richiesta di allele assegnata al campione, dove possibili richieste sono: • ● Omozigotico 1/1 – Omozigotico per l'allele 1 • ● Omozigotico 2/2 – Omozigotico per l'allele 2 • ● Eterozigotico 1/2 - Eterozigotico • ■ Controllo negativo • ✕ Indeterminata Il valore di qualità calcolato per la richiesta di genotipo. Il metodo utilizzato per assegnare la richiesta al campione (Auto se assegnato dal software StepOne oppure Manual se applicato da un utente). Commenti immessi per il pozzetto del campione associato. Ciclo soglia (C T ) del campione per l'allele associato per l'SNP valutato per il pozzetto. Colonne indicatori CQ La tabella pozzetti visualizza le colonne per gli indicatori CQ che sono attivati dai dati sperimentali. Se i dati dell'esperimento non attivano un indicatore CQ, il software StepOne non visualizza una colonna corrispondente per l'indicatore. Un ▲ in una delle seguenti colonne indica che il pozzetto associato ha attivato l'indicatore. BADROX Il pozzetto ha prodotto un segnale di riferimento passivo maggiore del limite definito nelle impostazioni di analisi. OFFSCALE Il pozzetto ha prodotto un livello di fluorescenza maggiore di quello misurabile dal Sistema StepOne . NOSIGNAL CLUSTER# PCFAIL SMCLUSTER AMPNC NOAMP Il pozzetto non ha prodotto un livello rilevabile di fluorescenza. Per l'SNP valutato per il pozzetto, il numero di cluster generati dai dati dell'esperimento è maggiore del limite definito nelle impostazioni di analisi. Il controllo positivo non produce un R n per l'allele associato maggiore del limite definito nelle impostazioni di analisi il che indica che l'amplificazione non è riuscita. Il numero dei datapoint nel cluster associato è minore del limite definito nelle impostazioni di analisi. Il pozzetto ha prodotto un R n maggiore del limite definito nelle impostazioni di analisi il che indica possibile amplificazione. Il pozzetto non ha prodotto un R n per l'allele maggiore del limite definito nelle impostazioni di analisi il che indica possibile mancata amplificazione. Note 78 Guida introduttiva al sistema Applied Biosystems StepOne Real-Time PCR System per gli esperimenti di genotipizzazione RISERVATO - Esclusivamente per uso interno AB. Non distribuire.
Capitolo 5 Analisi dell'esperimento Visualizzazione tabella Well (Pozzetto) Colonna Descrizione NOISE SPIKE EXPFAIL BLFAIL THOLDFAIL CTFAIL La fluorescenza di background (noise) prodotta dal pozzetto è maggiore di quella prodotta dagli altri pozzetti sulla piastra di reazione di un fattore maggiore del limite definito nelle impostazioni di analisi. Il Plot di amplificazione per il pozzetto contiene uno o più datapoint incompatibili con gli altri punti nel plot. Il software non è in grado di identificare la regione esponenziale del Plot di amplificazione per il pozzetto. Il software non è in grado di calcolare la linea di base più appropriata per i dati per il pozzetto. Il software non è in grado di calcolare una soglia per il pozzetto associato. Il software non è in grado di calcolare un ciclo soglia (C T ) per il pozzetto associato. Linee guida analisi Per analizzare il proprio esperimento: • Nel caso si utilizzino controlli positivi, verificare anche l'integrità dei controlli positivi: a. Nel menu Group By (Raggruppa per), selezionare Task (Operazione) per organizzare le righe della tabella in base alla loro funzione sulla piastra di reazione b. Verificare che i controlli positivi non visualizzino indicatori (▲) e che la loro fluorescenza normalizzata del colorante reporter (R n ) sia appropriata per il genotipo (ad esempio, se si valuta l'allele 1/allele 1 di controllo positivo, è lecito attendere un aumento significativo dell'R n per la sonda dell'allele 1 e un aumento molto modesto per la sonda dell'allele 2). c. Ripetere il passaggio b per ogni controllo positivo. • Rivedere i dati per i campioni non noti. Per ogni riga che visualizza ▲ nella colonna indicatori, osservare i dati e gli indicatori attivati dal pozzetto associato. • Selezionare le aree della tabella o i pozzetti di un tipo specifico: – Facendo clic sul tasto sinistro del mouse e trascinando attraverso l'area per effettuare la selezione. – Selezionando Sample (Campione), Target o Task (Operazione) nel menu Select Items (Seleziona voci) nella scheda View Table (Visualizza tabella), quindi selezionando il nome del campione, del target o dell'operazione dal secondo menu Select Items (Seleziona voci) per selezionare i pozzetti di un tipo specifico utilizzando lo strumento di selezione pozzetti. • Raggruppare le righe del layout di piastra selezionando una opzione dal menu Group By (Raggruppa per). È possibile restringere o espandere l'elenco sia facendo clic sull'icona +/- posta accanto ai singoli elenchi sia facendo clic su Collapse All (Restringi tutti) o Expand All (Espandi tutti). Note Guida introduttiva al sistema Applied Biosystems StepOne Real-Time PCR System per gli esperimenti di genotipizzazione RISERVATO - Esclusivamente per uso interno AB. Non distribuire. 79
Page 1:
Guida introduttiva Applied Biosyste
Page 4 and 5:
© Copyright 2006, 2010 Applied Bio
Page 6 and 7:
Capitolo 3 Preparazione delle reazi
Page 8 and 9:
Premessa Come utilizzare questa gui
Page 10 and 11:
Premessa Come ottenere assistenza D
Page 12 and 13:
Premessa Convenzioni sulla sicurezz
Page 14 and 15:
Premessa Etichette di sicurezza sug
Page 16 and 17:
Premessa Sicurezza dalle sostanze c
Page 18 and 19:
Premessa Sicurezza dei rifiuti chim
Page 20 and 21:
Premessa Sicurezza LED Alimentazion
Page 22 and 23:
Premessa Norme di sicurezza e di co
Page 24 and 25:
Capitolo 1 Introduzione Informazion
Page 26 and 27:
Page 28 and 29:
Page 30 and 31:
Capitolo 1 Introduzione Come utiliz
Page 32 and 33:
Page 34 and 35:
Capitolo 1 Introduzione Flusso di l
Page 36 and 37:
Capitolo 2 Disegno dell'esperimento
Page 38 and 39:
Page 40 and 41:
Page 42 and 43:
Page 44 and 45:
Page 46 and 47:
Page 48 and 49:
Page 50 and 51: Capitolo 2 Disegno dell'esperimento
Page 56 and 57: Capitolo 3 Preparazione delle reazi
Page 66 and 67: Capitolo 4 Esecuzione dell'esperime
Page 90 and 91: Capitolo 5 Analisi dell'esperimento
Page 120 and 121: Appendice A Flussi di lavoro degli
Page 136 and 137: Bibliografia 114 Guida introduttiva
Page 138 and 139: Glossario campione campione di rife
Page 140 and 141: Glossario C T manuale curva di diss
Page 142 and 143: Glossario ID saggio Valore assegnat
Page 144 and 145: Glossario miscela sonda monitoraggi
Page 146 and 147: Glossario quencher Molecola legata
Page 148 and 149: Glossario serie di diluizioni stand
Page 150 and 151:
Glossario 128 Guida introduttiva al
Page 152 and 153:
Indice convenzioni IMPORTANTE! vi i
Page 154 and 155:
Indice preparazione 36 miscela prim
Page 156:
Indice T tabella well (pozzetto) 77
show all

Applied Biosystems StepOne™ System Real-Time PCR System ...

Create successful ePaper yourself

Delete template?

Save as template?