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Glossario ID saggio Valore assegnato da Applied Biosystems a TaqMan ® Gene Expression Assays e TaqMan ® SNP Genotyping Assays. impostazione avanzata intercetta y IPC IPC bloccato IPC+ layout piastra lettura end-point lettura post-PCR lettura pre-PCR libreria campioni Funzione in software StepOne che consente l'impostazione degli esperimenti in base al proprio disegno. Coefficiente di regressione calcolato dalla linea di regressione nella curva standard. L' intercetta y indica il ciclo soglia (C T ) atteso per un campione con quantità uguale a 1 (ad esempio, 1 ng/µl). Abbreviazione per controllo positivo interno (IPC, Internal Positive Control) Inoltre, in esperimenti di presenza/assenza, l'operazione per il target IPC nei pozzetti che contengono un templato IPC. In esperimenti di presenza/assenza, l'operazione assegnata al target IPC in pozzetti che contengono un'agente bloccante IPC invece di un templato di campione. Vedere anche pozzetti IPC bloccati a controllo negativo. Richiesta di presenza/assenza quando il controllo positivo interno (IPC) è riuscito. Illustrazione della griglia di pozzetti 6 × 8 del contenuto assegnato nella piastra di reazione. Nel software, è possibile utilizzare il layout piastra come strumento di selezione per assegnare il contenuto dei pozzetti, per visualizzare le assegnazione dei pozzetti e per visualizzare i risultati. Il layout piastra viene visualizzato nelle schermate del Design Wizard, in quelle di Advanced Setup (Impostazioni avanzate) e in quelle delle esecuzioni e delle analisi. Il layout piastra può essere stampato, incluso in un report, esportato e salvato come slide per una presentazione. Vedere lettura post-PCR. Utilizzata negli esperimenti di genotipizzazione e di presenza/assenza, la parte della sessione analitica dello strumento che si verifica dopo l'amplificazione. Negli esperimenti di genotipizzazione, i dati sulla fluorescenza acquisiti durante la lettura post-PCR vengono visualizzati nel plot di discriminazione allelica e utilizzati per fare richieste di alleli. Negli esperimenti di presenza/assenza, i dati sulla fluorescenza acquisiti durante la lettura post-PCR vengono visualizzati nel plot di presenza/assenza e utilizzati per fare richieste di rilevamento. Chiamata anche lettura end-point. Utilizzata negli esperimenti di genotipizzazione e di presenza/assenza, la parte della sessione analitica dello strumento che si verifica prima dell'amplificazione. I dati sulla fluorescenza acquisiti durante la lettura pre-PCR vengono utilizzati per normalizzare i dati sulla fluorescenza post-lettura. Acquisizione di campioni nel software StepOne . La libreria campioni contiene il nome e il colore del campione. libreria saggi SNP Acquisizione di saggi SNP nel software StepOne . libreria target Acquisizione di target nel software StepOne . 120 Guida introduttiva al sistema Applied Biosystems StepOne Real-Time PCR System per gli esperimenti di genotipizzazione RISERVATO - Esclusivamente per uso interno AB. Non distribuire.
Glossario linea di base linea di base automatica linea di base manuale linea di regressione metodo C T comparativo (∆∆C T ) metodo della curva standard metodo della curva standard relativa metodo di esecuzione metodo di quantificazione miscela di primer miscela di reazione miscela primer/sonda Nel plot di amplificazione, linea adeguata ai livelli di fluorescenza per un range definito di cicli. In caso di utilizzo dell'impostazione di analisi con linea di base manuale, per la determinazione della linea di base Applied Biosystem raccomanda di selezionare cicli precoci della PCR. Impostazione di analisi in cui il software calcola i valori di inizio e di fine della linea di base per il plot di amplificazione. Il software utilizza la linea di base e la soglia per calcolare il ciclo soglia (C T ). Impostazione di analisi in cui vengono immessi i valori di inizio e di fine della linea di base per il plot di amplificazione. Il software utilizza la linea di base e la soglia per calcolare il valori del C T . Negli esperimenti con curva standard e curva standard relativa, la migliore linea adeguata alla curva standard. Formula della linea di regressione: C T = m [log (Qtà)] + b dove m rappresenta la pendenza, b l'intercetta y e Qtà la quantità standard. Vedere anche coefficienti di regressione. Metodo di quantificazione per esperimenti di quantificazione. Con il metodo C T comparativo (∆∆C T ), vengono utilizzati i risultati provenienti da un campione di riferimento e da un controllo endogeno per determinare le quantità relative di un target nei campioni. Metodo di quantificazione per esperimenti di quantificazione. Con il metodo della curva standard, vengono utilizzati i risultati provenienti dagli standard per determinare le quantità relative di un target nei campioni. Metodo di quantificazione per esperimenti di quantificazione. Con il metodo della curva standard relativa, vengono utilizzati i risultati provenienti dagli standard, da un campione di riferimento e da un controllo endogeno per determinare le quantità relative di un target nei campioni. Definizione del volume della reazione e del profilo termico per la sessione analitica dello strumento. Con gli esperimenti di quantificazione, il metodo utilizzato per determinare la quantità di target nei campioni. Per gli esperimenti di quantificazione, esistono tre tipi di metodi di quantificazione disponibili: curva standard, C T comparativo (∆∆C T ) e curva standard relativa. Componente della reazione PCR contenente il forward primer e il reverse primer disegnati per amplificare il target. Soluzione contenente tutti i componenti necessari per eseguire la reazione PCR, ad eccezione del templato (campione, standard o controllo). Componente della reazione PCR che consiste nei primer disegnati per amplificare il target e una sonda TaqMan ® disegnata per rilevare l'amplificazione del target. Guida introduttiva al sistema Applied Biosystems StepOne Real-Time PCR System per gli esperimenti di genotipizzazione RISERVATO - Esclusivamente per uso interno AB. Non distribuire. 121
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Guida introduttiva Applied Biosyste
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Capitolo 3 Preparazione delle reazi
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Premessa Come utilizzare questa gui
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Premessa Come ottenere assistenza D
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Premessa Convenzioni sulla sicurezz
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Premessa Etichette di sicurezza sug
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Premessa Sicurezza dalle sostanze c
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Premessa Sicurezza dei rifiuti chim
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Premessa Sicurezza LED Alimentazion
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Premessa Norme di sicurezza e di co
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Capitolo 1 Introduzione Informazion
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Capitolo 1 Introduzione Come utiliz
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Capitolo 1 Introduzione Flusso di l
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Capitolo 2 Disegno dell'esperimento
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Capitolo 4 Esecuzione dell'esperime
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Capitolo 5 Analisi dell'esperimento
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