Applied Biosystems StepOne™ System Real-Time PCR System ...

Capitolo 5 Analisi dell'esperimento
Visualizzazione Plot di amplificazione
Visualizzazione Plot di amplificazione
Nel caso siano stati acquisiti dati in tempo reale per l'esperimento, rivedere i dati di
amplificazione per comprendere con maggiore chiarezza gli indicatori attivati dai dati
dell'esperimento.
La schermata Amplification Plot (Plot di amplificazione) visualizza l'amplificazione di
tutti i campioni nei pozzetti selezionati. Utilizzare i plot di amplificazione per verificare i
risultati dell'esperimento.
• ∆Rn rispetto al ciclo – Il ∆R n è la grandezza del segnale di fluorescenza
normalizzato generato dalla sessione di analisi PCR e dai dati relativi a esso viene
calcolato il C T . Questo plot visualizza il ∆R n come funzione del numero di cicli. È
possibile utilizzare questo plot per identificare ed esaminare l'amplificazione non
regolare e per visualizzare i valori soglia e linea di base per la sessione di analisi.
• Rn rispetto al ciclo – L'R n rappresenta la fluorescenza del colorante reporter
normalizzata. Questo plot visualizza il R n come funzione del numero di cicli. È
possibile utilizzare questo plot per l'identificazione e l'esame dell'amplificazione
non regolare.
• C T rispetto al pozzetto – Il ciclo soglia (C T ) è il numero di cicli PCR al quale il
livello di fluorescenza raggiunge la soglia. Questo plot visualizza C T come funzione
della posizione del pozzetto. È possibile utilizzare questo plot per localizzare
l'amplificazione anomala (outlier).
È possibile visualizzare ciascun plot con le seguenti modalità grafiche: lineare oppure
log10.
Nota: Per ulteriori informazioni sui Plot di amplificazione, fare riferimento alla Guida
della chimica Real-Time PCR Systems Chemistry Guide oppure alla Guida software
StepOne software Help.
Informazioni sui
dati dell'esempio
Rivisualizzazione
dei risultati
Nell'esperimento di esempio, rivedere il Plot di amplificazione per:
• Valori corretti della linea di base e della soglia
• Outlier
1. Nella colonna di navigazione, selezionare Amplification Plot (Plot di
amplificazione).
2. Nel Plot di amplificazione:
a. Nel menu a discesa Plot Type (Tipo plot), selezionare ∆Rn rispetto al ciclo.
b. Nel menu a discesa Color Plot By (Plot colore da), selezionare Well
(Pozzetto).
c. Fare clic su Show/Hide the plot legend (Mostra/Nascondi la legenda del
plot).
Note
86
Guida introduttiva al sistema Applied Biosystems StepOne Real-Time PCR System per gli esperimenti di
genotipizzazione
RISERVATO - Esclusivamente per uso interno AB. Non distribuire.